Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatgaatctatgattacttatgcctttttttctctcacttggaattgtttgcttctttttttttttggttaaccttgtttttaactgtcttgaaaaaaatattgatggcagTGCCACTAGCGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAATGGGGATCACTGTTGTTACTTCCTCACAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G02110.1
intron # 26
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8283600|gb|BE021159.1|BE021159
EST:     CGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAA                         TGCCACTAGCGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT
genomic: CGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAAgtatgtatga ... ttgatggcagTGCCACTAGCGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT
EST: gi|120494271|gb|EH222438.1|EH222438
EST:     CGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAA                         TGCCACTAGCGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT
genomic: CGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAAgtatgtatga ... ttgatggcagTGCCACTAGCGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT
EST: gi|8283612|gb|BE021171.1|BE021171
EST:     CGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAA                         TGCCACTAGCGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT
genomic: CGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAAgtatgtatga ... ttgatggcagTGCCACTAGCGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT
EST: gi|208110980|gb|GD908740.1|GD908740
EST:     CTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAA                         TGCCACTAGCGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT
genomic: CTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAAgtatgtatga ... ttgatggcagTGCCACTAGCGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttttttttggttaaccttgtttttaactgtcttgaaaaaaatattgatggcagTGCCACTAGCGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAATGGGGATCACTGTTGTTACTTCCTCACAA
                                 ttgaaaaaaatattga  TA-rich tract