Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attagtctaagcagtgcattggataacagcaatttagaaaacgtttagaagccagcttatgattttattatgtatggttttcttgtgttctttttttcagGACCTACCAAGAAGAAAAAGCTTGACTGGGAGCTGCGTCTAAAAATAGCACTTGGAGCAGCACAAGGGCTTGCTTATCTACACCATGATTGCTGTCCTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G34380.1
intron # 26
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G34380.2 (Glycine max), 3'ss of exon 24
lower sequence: Vv04s0008g01970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 25
attagtctaagcagtgcattggataacagcaatttagaaaac---gtttagaagccagcttatg-attttattatgtatggttttcttgtgttctttttttcagGACCTACCAAGAAGAAAAAGCTTGACTGGGAGCTGCGTCTAAAAATAGCACTTGGAGCAGCACAAGGGCTTGCTTATCTACACCATGATTGCTGTCCTAG
     |        |  |||  | |    ||||| | |||     | |||  |  ||     || || || || | | |  ||      | |   | || | ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    |||||  | || |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||  | ||| |
----attatgatgtttgattttagagatacaattcacaaactactgcttaatatacatagactgcatattcttctatctaattcctcattttctatcttcttagGCCCTACAAAGAAGAAAAAGCTTGATTGGGAAACTCGTCTTCAGATTGCACTTGGAGCAGCTCAAGGGCTTGCTTACCTTCACCATGATTGTAGCCCTCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5676854|gb|AI937984.1|AI937984
EST:     CCTGTTTTATGACTACATGGAAAATGGCAGTCTATGGGATCTTCTTCATG                         GACCTACCAAGAAGAAAAAGCTTGACTGGGAGCTGCGTCTAAAAATAGCAC
genomic: CCTGTTTTATGACTACATGGAAAATGGCAGTCTATGGGATCTTCTTCATGgtatgttcaa ... tttttttcagGACCTACCAAGAAGAAAAAGCTTGACTGGGAGCTGCGTCTAAAAATAGCAC
EST: gi|10847816|gb|BF070439.1|BF070439
EST:     CTACATGGAAAATGGCAGTCTATGGGATCTTCTTCATG                         GACCTACCAAGAAGAAAAAGCTTGACTGGGAGCTGCGTCTAAAAATAGCAC
genomic: CTACATGGAAAATGGCAGTCTATGGGATCTTCTTCATGgtatgttcaa ... tttttttcagGACCTACCAAGAAGAAAAAGCTTGACTGGGAGCTGCGTCTAAAAATAGCAC
EST: gi|193389963|gb|FK357620.1|FK357620
EST:     CCTGTTTTATGACTACATGGAAAATGGCAGTCTATGGGATCTTCTTCATG                         GACCTACCAAGAA
genomic: CCTGTTTTATGACTACATGGAAAATGGCAGTCTATGGGATCTTCTTCATGgtatgttcaa ... tttttttcagGACCTACCAAGAA
EST: gi|193389876|gb|FK353641.1|FK353641
EST:     CCTGTTTTATGACTACATGGAAAATGGCAGTCTATGGGATCTTCTTCATG                         GACCTACCAAGAAGAAAAAGCTTGACTGGGAGCTGCGTCTAAAAATAGCAC
genomic: CCTGTTTTATGACTACATGGAAAATGGCAGTCTATGGGATCTTCTTCATGgtatgttcaa ... tttttttcagGACCTACCAAGAAGAAAAAGCTTGACTGGGAGCTGCGTCTAAAAATAGCAC
EST: gi|208072065|gb|GD869297.1|GD869297
EST:     CCTGTTTTATGACTACATGGAAAATGGCAGTCTATGGGATCTTCTTCATG                         GACCTACCAAGAAGAAAAAGCTTGACTGGGAGCTGCGTCTAAAAAT-GCAC
genomic: CCTGTTTTATGACTACATGGAAAATGGCAGTCTATGGGATCTTCTTCATGgtatgttcaa ... tttttttcagGACCTACCAAGAAGAAAAAGCTTGACTGGGAGCTGCGTCTAAAAATAGCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagaagccagcttatgattttattatgtatggttttcttgtgttctttttttcagGACCTACCAAGAAGAAAAAGCTTGACTGGGAGCTGCGTCTAAAAATAGCACTTGGAGCAGCACAAGGGCTTGCTTATCTACACCATGATTGCTGTCCTAG
                                ttttcttgtgttcttt  CT-rich tract
           ttatgattttattatg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attagtctaagcagtgcattggataacagcaatttagaaaacgtttagaagccagcttatgattttattatgtatggttttcttgtgttctttttttcagGACCTACCAAGAAGAAAAAGCTTGACTGGGAGCTGCGTCTAAAAATAGCACTTGGAGCAGCACAAGGGCTTGCTTATCTACACCATGATTGCTGTCCTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - ctaagca
- - - - - - - tgcattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatgg