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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagaagatgctgtttaaactcagtagttattatttccctcccctcttgtcttattgcagATCGTGCAAGAAGGACAAGCTTAGGTATCGTTATCCTCGTGGTGAGTCATACTTGGATGTCATTCAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G27410.1
intron # 26
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G27410.1 (Glycine max), 3'ss of exon 26
lower sequence: LOC_Os03g18310.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 18
----------------------------------------gttagaagatgctgtttaaactcagtagttattatttccctcccctcttgtcttattgcagATCGTGCAAGAAGGACAAGCTTAGGTATCGTTATCCTCGTGGTGAGTCATACTTGGATGTCATTCAAAG
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actacctgcttagagaatcatcctctgctagtgccttactgttttat-atacgaaaatacccccataagtattttatttacattcatgtgccctttttcagATCACGTAGCAAGGACAAGCTGAGGTATCGTTATCCTAGAGGAGAATCCTACCTCGATGTCATTCAAAG

upper sequence: GLYMA11G27410.1 (Glycine max), 3'ss of exon 26
lower sequence: Vv06s0004g06920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 19
----------------------------gttagaagatgctgtttaaactcagtagttat---tatttccc--------tcccctcttgtctta-ttgcagATCGTGCAAGAAGGACAAGCTTAGGTATCGTTATCCTCGTGGTGAGTCATACTTGGATGTCATTCAAAG
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agttattattaccccaaaaaaatcatgtacttgggaatctcattttt-ttcaggagctttccttgtttcttaggataatttcatcctcacattaattgcagGTCACGTAAGAAGGACAAGCTGAGGTATCGGTATCCTCGTGGTGAATCTTACCTGGATGTTATCCAAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agatgctgtttaaactcagtagttattatttccctcccctcttgtcttattgcagATCGTGCAAGAAGGACAAGCTTAGGTATCGTTATCCTCGTGGTGAGTCATACTTGGATGTCATTCAAAG
                      ttattatttccctccc  CT-rich tract
                 agtagttattattt  TA-rich tract