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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacattgctatccatttcaacctttcagatattgccactgacagttgtaacggcaattgtaaaatttctgcagAATTCTCCACAAGGATCTGTTTTGCTTGGGGCAATTTCATATGGGAAGCTGTCCTTTGCTGGTCAGGGAGAGAATAAAAATCCCGAAAAGCACCCTGCAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G25250.1
intron # 26
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193552566|gb|FK509925.1|FK509925
EST:     AAAGAAGGAATATATCTTGGTCCACCAACCAAAAAGAAAAGCTTCCCAAG                         AATTCTCCACAAGGATCTGTTTTGCTTGGGGCAATTTCATATGGGAAGCTG
genomic: AAAGAAGGAATATATCTTGGTCCACCA-CCAAAA-GAAAAGCTTCCCAAGgtacattgct ... atttctgcagAATTCTCCACAAGGATCTGTTTTGCTTGGGGCAATTTCATATGGGAAGCTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacctttcagatattgccactgacagttgtaacggcaattgtaaaatttctgcagAATTCTCCACAAGGATCTGTTTTGCTTGGGGCAATTTCATATGGGAAGCTGTCCTTTGCTGGTCAGGGAGAGAATAAAAATCCCGAAAAGCACCCTGCAT
                          ttgtaac  putative branch site (score: 2)
                                              tttctgc  putative PPT
                                    aattgtaaaatttct  TA-rich tract