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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttaattatatctactgtgtgtgatgtagcaaatgattcttttatatgcatgatttaaatatttaaataatatttaccaagtaatacgatttccttttcagATATTTAATGCAAGGCAGCTTGCTTTGAAGCTCATAGCGAATGTAACATATGGCTACACTGCTGCTGGATTTAGTGGTCGCATGCCCTGTGCAGAACTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G39720.1
intron # 26
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G39720.1 (Glycine max), 3'ss of exon 26
lower sequence: GRMZM2G081639_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 18
-ttaattatatctactgtgtgtgatgtagcaaatgattct---tttatatgcatgatttaaatatttaaataatatttaccaagtaatacgatttccttttcagATATTTAATGCAAGGCAGCTTGCTTTGAAGCTCATAGCGAATGTAACATATGGCTACACTGCTGCTGGATTTAGTGGTCGCATGCCCTGTGCAGAACTTG
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ggcagtcctct-tact-tcccttttgcaacatttgtttttcagttaaaaaaattgttcttaccaattggtggatatattgtaaataattag--tttgtttgcagATATTCAATGCACGGCAGCTTGCTTTGAAGCTGATAGCTAATGTCACGTATGGTTACACAGCTGCTGGATTCAGTGGTCGAATGCCTTGTGCAGAGCTTG

upper sequence: GLYMA03G39720.1 (Glycine max), 3'ss of exon 26
lower sequence: AT1G67500.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 18
ttaattatatctactgtgtgtgatgtagcaaatgattcttttatatgcatgatttaaatatttaaataatatttaccaagtaatacgatttcct-tttcagATATTTAATGCAAGGCAGCTTGCTTTGAAGCTCATAGCGAATGTAACATATGGCTACACTGCTGCTGGATTTAGTGGTCGCATGCCCTGTGCAGAACTTG
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-----------------gtatggttatcttgatcagagtccaa-atttttggtttgaagataaaatttgcaattttgatggtatacagtgtcttctttcagATATTTAATGCGAGGCAGCTTGCTTTAAAGCTGATAGCAAATGTGACTTATGGTTATACTGCTGCTGGCTTCAGTGGTCGAATGCCTTGTGCAGAGCTGG

upper sequence: GLYMA03G39720.1 (Glycine max), 3'ss of exon 26
lower sequence: Vv14s0128g00840.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
ttaattatatctactgtgtgtgatgtagcaaatgattcttttatatgcatgatttaaatatttaaataat---atttaccaagt----aatacgatttccttttcagATATTTAATGCAAGGCAGCTTGCTTTGAAGCTCATAGCGAATGTAACATATGGCTACACTGCTGCTGGATTTAGTGGTCGCATGCCCTGTGCAGAACTTG
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-----tgtttagattata-gtaatatt-tagactttgttttgaaagaaagaatgcacaaatgtaagccattaaattcactagtttcacaatatcttttccctttcagATATTTAATGCAAGACAGCTTGCTTTGAAGCTGATAGCAAATGTAACATATGGTTATACAGCTGCTGGATATAGTGGTCGTATGCCTTGTGCAGAGCTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcatgatttaaatatttaaataatatttaccaagtaatacgatttccttttcagATATTTAATGCAAGGCAGCTTGCTTTGAAGCTCATAGCGAATGTAACATATGGCTACACTGCTGCTGGATTTAGTGGTCGCATGCCCTGTGCAGAACTTG
                                           tttccttttc  CT-rich tract
      atttaaatatttaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ttaattatatctactgtgtgtgatgtagcaaatgattcttttatatgcatgatttaaatatttaaataatatttaccaagtaatacgatttccttttcagATATTTAATGCAAGGCAGCTTGCTTTGAAGCTCATAGCGAATGTAACATATGGCTACACTGCTGCTGGATTTAGTGGTCGCATGCCCTGTGCAGAACTTG

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- - - - - - - -gtgtgtg
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