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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tactctaaattcagaatttgcttgttttatgtctgcaactaacaatcttttccgcactacttgttgaatactgagtaccatgttggtttttatgctgcagTTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCAGTTTGCTGTAGGACTGTCGGATGGCGGAGTTCATGTCTTTGAGCCCCAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G44420.1
intron # 25
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5605908|gb|AI900006.1|AI900006
EST:     AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAG                         TTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
genomic: AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAGgtaatgcttt ... tatgctgcagTTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
EST: gi|23063724|gb|BU578610.1|BU578610
EST:     AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAG                         TTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
genomic: AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAGgtaatgcttt ... tatgctgcagTTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
EST: gi|12496989|gb|BG047341.1|BG047341
EST:     AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAG                         TTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
genomic: AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAGgtaatgcttt ... tatgctgcagTTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
EST: gi|8670275|gb|BE191382.1|BE191382
EST:     AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAG                         TTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
genomic: AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAGgtaatgcttt ... tatgctgcagTTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
EST: gi|19937480|gb|BQ081305.1|BQ081305
EST:     AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAG                         TTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
genomic: AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAGgtaatgcttt ... tatgctgcagTTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
EST: gi|11413067|gb|BF425008.1|BF425008
EST:     GATTACAGT-GTCGAATCAATCCTTCTGCTTATCTTTCTGCAAGTGTCAG                         TTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
genomic: GATTAC-GTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAGgtaatgcttt ... tatgctgcagTTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
EST: gi|8402988|gb|BE058622.1|BE058622
EST:     AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAG                         TTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
genomic: AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAGgtaatgcttt ... tatgctgcagTTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
EST: gi|207837214|gb|GD808834.1|GD808834
EST:     AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAG                         TTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
genomic: AGATTACGTTGTCGAATCAATCCTTCTGCATATCTTTCTGCAAGTGTCAGgtaatgcttt ... tatgctgcagTTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
EST: gi|209726518|gb|BW658085.1|BW658085
EST:     CTGCAAGTGTCAG                         TTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA
genomic: CTGCAAGTGTCAGgtaatgcttt ... tatgctgcagTTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttttccgcactacttgttgaatactgagtaccatgttggtttttatgctgcagTTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCAGTTTGCTGTAGGACTGTCGGATGGCGGAGTTCATGTCTTTGAGCCCCAT
                                         tttttat  CT-rich tract
                                         tttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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tactctaaattcagaatttgcttgttttatgtctgcaactaacaatcttttccgcactacttgttgaatactgagtaccatgttggtttttatgctgcagTTCTAACGTACAACCACTTGTTATTGCTGCACATCCTCAAGAACCAAACCAGTTTGCTGTAGGACTGTCGGATGGCGGAGTTCATGTCTTTGAGCCCCAT

- - - - - - - - - tgcttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - ctgcaac
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