Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gagtttgtttgcaaccttatttactaaaaagtcccatgcacaaatattttaaatataacttaaaattatattgaagtttctgattgcgatttcaatgcagATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGAGCCTTGCTTCTGAGAATGTCAGCGGTCAAATTGCAAGACGTGATGTTGCGTCACCTTTAGGCTATGATTCAGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G35790.1
intron # 25
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193621924|gb|FK568642.1|FK568642
EST:     GATGAAATCAATGGAGGAGATGTGGCAAAAGCAGNTGTCAATCTTTGCAA                         ATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGNGCCTTGCTTCTGAGAATGT
genomic: GATGAAATCAATGGAGGAGATGTGGCAAAAGCAGATGTCA-TCTTTGCAAgtatgttttc ... ttcaatgcagATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGAGCCTTGCTTCTGAGAATGT
EST: gi|193662881|gb|FK604873.1|FK604873
EST:     GGATGAAATCAATGGAGGAGATGTGGCAAAAGCAGATGTCATCTTTGCAA                         ATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGAGCCTTGCTTCTGAGAATGTCAGCGGT
genomic: GGATGAAATCAATGGAGGAGATGTGGCAAAAGCAGATGTCATCTTTGCAAgtatgttttc ... ttcaatgcagATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGAGCCTTGCTTCTGAGAATGTCAGCGGT
EST: gi|193388811|gb|FK353528.1|FK353528
EST:     GGATGAAATCAATGGAAGAGATGTGGCAAAAGCAGATGTCATCTTTGCAA                         ATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGAGCCTTGCTTCTGAGAATGTCAGCGGT
genomic: GGATGAAATCAATGGAGGAGATGTGGCAAAAGCAGATGTCATCTTTGCAAgtatgttttc ... ttcaatgcagATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGAGCCTTGCTTCTGAGAATGTCAGCGGT
EST: gi|193698411|gb|FK641568.1|FK641568
EST:     GGATGAAATCAATGGAGGAGATGTGGCAAAAGCAGATGTCATCTCTGCAA                         ATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGNGCCTTGCTTCTGAGAA
genomic: GGATGAAATCAATGGAGGAGATGTGGCAAAAGCAGATGTCATCTTTGCAAgtatgttttc ... ttcaatgcagATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGAGCCTTGCTTCTGAGAA
EST: gi|193604569|gb|FK560346.1|FK560346
EST:     GGATGAAATCAATGGAGGAGATGTGGCAAAAGCAGATGTCATCTTTGCAA                         ATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGAGCCTTGCTTCTGAGAATGTCAGCGGT
genomic: GGATGAAATCAATGGAGGAGATGTGGCAAAAGCAGATGTCATCTTTGCAAgtatgttttc ... ttcaatgcagATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGAGCCTTGCTTCTGAGAATGTCAGCGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttaaatataacttaaaattatattgaagtttctgattgcgatttcaatgcagATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGAGCCTTGCTTCTGAGAATGTCAGCGGTCAAATTGCAAGACGTGATGTTGCGTCACCTTTAGGCTATGATTCAGAAG
                                ttctgat  putative branch site (score: 3)
     aaatataacttaaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gagtttgtttgcaaccttatttactaaaaagtcccatgcacaaatattttaaatataacttaaaattatattgaagtttctgattgcgatttcaatgcagATGAGCCTTGCTGCTGCTAGAAAGAGCCTTGCTTCTGAGAATGTCAGCGGTCAAATTGCAAGACGTGATGTTGCGTCACCTTTAGGCTATGATTCAGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAGA
gagtttg
- - - - -tgcaacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - catgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaatataa