Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttgaatctatgattacgtattatgcctttttttctctcacgtggaattgtttgcttttttttttttttttgttaaccttgtttttactgtcttgaaaaaattattgatggcagTGCAACAAGCGTTGATGTGGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAATGGGGATCACAGTTGTTACTTCCTCACAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G38160.1
intron # 25
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193671127|gb|FK613249.1|FK613249
EST:     CGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAA                         TGCAACAAGCGTTGATGTGGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT
genomic: CGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAAgtatgtttga ... ttgatggcagTGCAACAAGCGTTGATGTGGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT
EST: gi|18712534|gb|BM522649.1|BM522649
EST:     CGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAA                         TGCAACAAGCGTTGATGTGGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT
genomic: CGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAAgtatgtttga ... ttgatggcagTGCAACAAGCGTTGATGTGGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT
EST: gi|7234108|gb|AW569448.1|AW569448
EST:     CGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAA                         TGCAACAAGCGTTGATGTGGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT
genomic: CGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAATTTGGTATCCTGGACGAGTGTACCAAgtatgtttga ... ttgatggcagTGCAACAAGCGTTGATGTGGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttttttttttgttaaccttgtttttactgtcttgaaaaaattattgatggcagTGCAACAAGCGTTGATGTGGAAGAACACCTATATGGGCTAGCGAACAAAATGGGGATCACAGTTGTTACTTCCTCACAA
                                 ttgaaaaaattattga  TA-rich tract