Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgaaatttcttccaatattgataaagctgctggttgctgacaaaattaaaaatgaaatgtgctaataaattcctttgctgcagTGGGTTCCCCAAGATGTTCTGTCTGCCCCCATATCATATGCAGCTTATTCCTGCAACAGTCAGTTAATATATGCTACATTTTGTGATGCCAACATTGGTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G29090.1
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G29090.1 (Glycine max), 3'ss of exon 24
lower sequence: Vv14s0060g01680.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 23
gtatgaaatttcttccaatattgataaagctgc--tggttgctgacaaaattaaaaatgaaatgtgctaataaattcctttgctgcagTGGGTTCCCCAAGATGTTCTGTCTGCCCCCATATCATATGCAGCTTATTCCTGCAACAGTCAGTTAATATATGCTACATTTTGTGATGCCAACATTGGTG
|||  || |||  ||    | | |     || |  || |||    || ||||        ||  | || ||   | |      |||||||| | || |||||||  || ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||  |||| |||||||| |||||||||| |||||| || |
gtagaaagtttagtcagtgactcagcttacttcaatgtttgacatcagaatttttgtaataagtttcttatgtgtact-----tgcagTGGATCCCACAAGATGGACTATCTGCGCCCATATCTTATGCAGCTTACTCTTGCAACAGTCAACTAATTTATGCTACTTTTTGTGATGGCAACATCGGGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254335508|gb|GR847036.1|GR847036
EST:     AGACTCAATTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGAACGCATTCGGCAG                         TGGGTTCCCCAAGATGTTCTGTCTGCCCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAATTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGAACGCATTCGGCAGgtatgaaatt ... tttgctgcagTGGGTTCCCCAAGATGTTCTGTCTGCCCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|254345364|gb|GR851633.1|GR851633
EST:     AGACTCAATTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGAACGCATTCGGCAG                         TGGGTTCCCCAAGATGTTCTGTCTGCCCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAATTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGAACGCATTCGGCAGgtatgaaatt ... tttgctgcagTGGGTTCCCCAAGATGTTCTGTCTGCCCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|58018315|gb|CX705057.1|CX705057
EST:     AGACTCAATTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGAACGCATTCGGCAG                         TGGGTTCCCCAAGATGTTCTGTCTGCCCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAATTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGAACGCATTCGGCAGgtatgaaatt ... tttgctgcagTGGGTTCCCCAAGATGTTCTGTCTGCCCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|254345363|gb|GR851632.1|GR851632
EST:     AGACTCAATTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGAACGCATTCGGCAG                         TGGGTTCCCCAAGATGTTCTGTCTGCCCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAATTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGAACGCATTCGGCAGgtatgaaatt ... tttgctgcagTGGGTTCCCCAAGATGTTCTGTCTGCCCCCATATCATATGCAGCTTATTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctggttgctgacaaaattaaaaatgaaatgtgctaataaattcctttgctgcagTGGGTTCCCCAAGATGTTCTGTCTGCCCCCATATCATATGCAGCTTATTCCTGCAACAGTCAGTTAATATATGCTACATTTTGTGATGCCAACATTGGTG
                               tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                         ttcctttgct  putative PPT
             aaaattaaaaatgaaa  TA-rich tract