1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' | 25 5' 3' | 26 5' 3' | 27 5' 3' |
...tctttttttggctatatcaaatgccagttgttttgaaaaattttagacgctttttgtttcctatattctacgtaatggtagcttgcatcatctttaacagGTGCGAATTGTGGGAAAAAAATATGGAACTTAAGGATTTGAAAGAACAACTAAAAGAGCTTGTAGCACTGCTACAACAAAGTGAAGCACAGAGAGAGGAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G15750.1 |
intron # | 24 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGCAAAGAATGTGCTTCAGTATTTGTTCAATGCTACTGCAGAAGCAAG GTGCGAATTGTGGGNNNNNNNTATGGAACTTAAGGATTTGAAAGAACAACTEST: gi|120495394|gb|EH223561.1|EH223561
genomic: GATGCAAAGAATGTGCTTCAGTATTTGTTCAATGCTACTGCAGAAGCAAGgtgcttttgg ... tctttaacagGTGCGAATTGTGGGAAAAAAATATGGAACTTAAGGATTTGAAAGAACAACT
EST: GATGCAAAGAATGTGCTTCAGTATTTGTTCAATGCTACTGCAGAAGCAAG GTGCGAATTGTGGGNNNNNNNTATGGAACTTAAGGATTTGAAAGAACAACT
genomic: GATGCAAAGAATGTGCTTCAGTATTTGTTCAATGCTACTGCAGAAGCAAGgtgcttttgg ... tctttaacagGTGCGAATTGTGGGAAAAAAATATGGAACTTAAGGATTTGAAAGAACAACT
gacgctttttgtttcctatattctacgtaatggtagcttgcatcatctttaacagGTGCGAATTGTGGGAAAAAAATATGGAACTTAAGGATTTGAAAGAACAACTAAAAGAGCTTGTAGCACTGCTACAACAAAGTGAAGCACAGAGAGAGGAA
tcatcttt CT-rich tract
tttttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctttttttggctatatcaaatgccagttgttttgaaaaattttagacgctttttgtttcctatattctacgtaatggtagcttgcatcatctttaacagGTGCGAATTGTGGGAAAAAAATATGGAACTTAAGGATTTGAAAGAACAACTAAAAGAGCTTGTAGCACTGCTACAACAAAGTGAAGCACAGAGAGAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - -aatgcca
- - - - - - - - - - - - - - tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttgca