Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaggatttttctatctagtattggtattattgcttgttgctgtcaaaaattaaaattgagacatccttataaatcaacttgctgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCCTGCAACAGTCAGTTAATATATGCTACATTTTGCGATGGCAACACTGGGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G39290.1
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G39290.1 (Glycine max), 3'ss of exon 24
lower sequence: Vv14s0060g01680.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 23
gtaagaggatttttctatctagtattggtattattgcttgttgctgtcaaaaattaaaattgagacatccttataaatcaacttgctgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCCTGCAACAGTCAGTTAATATATGCTACATTTTGCGATGGCAACACTGGGG
|||  | | ||  ||  |   |  |  |  |  ||   ||||       | ||||    |    |  | |||||   |  ||||||   ||||| | ||||||||||  ||  |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||  ||||
gtagaaagtttagtcagt---gactcagcttacttcaatgtttgacatcagaatttttgtaataagtttcttatgtgt--acttgc---agTGGATCCCACAAGATGGACTATCTGCGCCCATATCTTATGCAGCTTACTCTTGCAACAGTCAACTAATTTATGCTACTTTTTGTGATGGCAACATCGGGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|163917881|gb|EH039022.1|EH039022
EST:     AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAG                         TGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAGgtaagaggat ... cttgctgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|11413763|gb|BF425774.1|BF425774
EST:     AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAG                         TGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAGgtaagaggat ... cttgctgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|254343985|gb|GR857741.1|GR857741
EST:     AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAG                         TGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAGgtaagaggat ... cttgctgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|193346467|gb|FK313389.1|FK313389
EST:     AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAG                         TGGGTTCCACAAGATGTTCCGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAGgtaagaggat ... cttgctgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|254318653|gb|GR828597.1|GR828597
EST:     GATCGCATTAGGCAG                         TGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: GATCGCATTAGGCAGgtaagaggat ... cttgctgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|27446247|gb|CA953370.1|CA953370
EST:     TGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAG                         TGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: TGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAGgtaagaggat ... cttgctgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|19453486|gb|BM954896.1|BM954896
EST:     AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAG                         TGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAGgtaagaggat ... cttgctgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|19453554|gb|BM954964.1|BM954964
EST:     AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAG                         TGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAGgtaagaggat ... cttgctgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|14011684|gb|BG726606.1|BG726606
EST:     AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAG                         TGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAGgtaagaggat ... cttgctgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgttgctgtcaaaaattaaaattgagacatccttataaatcaacttgctgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCCTGCAACAGTCAGTTAATATATGCTACATTTTGCGATGGCAACACTGGGG
        tgtcaaaaattaaaat  TA-rich tract