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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtcatttagtcactctcccaatcaaaggccaaatagtgcaactttgggaaattttttgcatcgagtatttggtgtatatgttgtctcaatttgtatttttaatattatgttctgctttgattagGGTGGTAGTCCAGGCAGTGCAGCTGGCATTGCTCAACGTGCCAGACATCCTGATGAACTTAAACGAGATCAAGGGACCTGGCTGATTGACATTGATTACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G39430.1
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193303087|gb|FK266653.1|FK266653
EST:     CTGGTTGCTCTGTTGGTGATACAATCCCTTATATAATTTGCTATGAGCAG                         GGTGGTAGTCCAGGCAGTGCAGCTGGCATTGCTCAACGTGCCAGACAATCC
genomic: CTGGTTGCTCTGTTGGTGATACAATCCCTTATATAATTTGCTATGAGCAGgtttgtcatt ... ctttgattagGGTGGTAGTCCAGGCAGTGCAGCTGGCATTGCTCAACGTGCCAGACA-TCC
EST: gi|192325409|gb|FK017180.1|FK017180
EST:     CTGTTTGCTCTGTTGGTGATACAATCCCTTATATAATTTGCTATGAGCAG                         GGTGGTAGTCCAGGCAGTGCAGCTGGCATTGCTCAACGTGCCAGACATCCT
genomic: CTGGTTGCTCTGTTGGTGATACAATCCCTTATATAATTTGCTATGAGCAGgtttgtcatt ... ctttgattagGGTGGTAGTCCAGGCAGTGCAGCTGGCATTGCTCAACGTGCCAGACATCCT
EST: gi|193379018|gb|FK344352.1|FK344352
EST:     CTGGTTGCTCTGTTGGTGATACAATCCCTTATATAATTTGCTATGAGCAG                         GGTGGTAGTCCAGGCAGTGCAGCTGGCATTGCTCAACGTGCCAGACATCCT
genomic: CTGGTTGCTCTGTTGGTGATACAATCCCTTATATAATTTGCTATGAGCAGgtttgtcatt ... ctttgattagGGTGGTAGTCCAGGCAGTGCAGCTGGCATTGCTCAACGTGCCAGACATCCT
EST: gi|193374950|gb|FK339888.1|FK339888
EST:     CTGGTTGCTCTGTTGGTGATACAATCCCTTATATAATTTGCTATGAGCAG                         GGTGGTAGTCCAGGCAGTGCAGCTGGCATTGCTCAACGTGCCAGACATCCT
genomic: CTGGTTGCTCTGTTGGTGATACAATCCCTTATATAATTTGCTATGAGCAGgtttgtcatt ... ctttgattagGGTGGTAGTCCAGGCAGTGCAGCTGGCATTGCTCAACGTGCCAGACATCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtgtatatgttgtctcaatttgtatttttaatattatgttctgctttgattagGGTGGTAGTCCAGGCAGTGCAGCTGGCATTGCTCAACGTGCCAGACATCCTGATGAACTTAAACGAGATCAAGGGACCTGGCTGATTGACATTGATTACT
                           ttttaat  putative branch site (score: 3)
                                        ttctgcttt  putative PPT
     tatatgttgtctcaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtttgtcatttagtcactctcccaatcaaaggccaaatagtgcaactttgggaaattttttgcatcgagtatttggtgtatatgttgtctcaatttgtatttttaatattatgttctgctttgattagGGTGGTAGTCCAGGCAGTGCAGCTGGCATTGCTCAACGTGCCAGACATCCTGATGAACTTAAACGAGATCAAGGGACCTGGCTGATTGACATTGATTACT

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