Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaggattttctatctagtattggtattgctgcttgttgctgtcaaaaatattaaaatggagacatccttataaattaatttgttgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCCTGCAACAGTCAGTTAATTTATGCTACATTTTCTGATGGCAACACTGGGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G41840.2
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G41840.1 (Glycine max), 3'ss of exon 23
lower sequence: Vv14s0060g01680.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 23
gtaagaggattttctatctagtattggtattgctgcttgttgctgtcaaaaatattaaaatggagacatccttataaattaatttgttgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCCTGCAACAGTCAGTTAATTTATGCTACATTTTCTGATGGCAACACTGGGG
|||  | | ||    |   | |     || | |    | |||   ||| || | ||  |||    |  | |||||   |       ||||||||| | ||||||||||  ||  |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||
gtagaaagtttagtcagtgactcagcttacttcaatgt-ttgacatcagaatttttgtaata---agtttcttatgtgt-----acttgcagTGGATCCCACAAGATGGACTATCTGCGCCCATATCTTATGCAGCTTACTCTTGCAACAGTCAACTAATTTATGCTACTTTTTGTGATGGCAACATCGGGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14990052|gb|BI315725.1|BI315725
EST:     AATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAG                         TGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAGgtaagaggat ... tttgttgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|208332543|gb|GE128696.1|GE128696
EST:     AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAG                         TGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAGgtaagaggat ... tttgttgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
EST: gi|7232737|gb|AW568091.1|AW568091
EST:     AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAG                         TGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC
genomic: AGACTCAGTTGGCAATATATGATGCCTCTAAGATGGATCGCATTAGGCAGgtaagaggat ... tttgttgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttgctgtcaaaaatattaaaatggagacatccttataaattaatttgttgcagTGGGTTCCACAAGATGTTCTGGCTGCTCCCATATCATATGCAGCTTATTCCTGCAACAGTCAGTTAATTTATGCTACATTTTCTGATGGCAACACTGGGG
                                       aattaat  putative branch site (score: 3)
                              atccttataaattaat  TA-rich tract