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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacatgagttaactattgctatactatgtgttccttcatcctctactccatattgtcattgcatgtttgatttgtaaaacattcctgtgttaccagAAACCTCCTGAGCTTGATGCTCCTCTCCTCGAGACAACTGAAGGAGGAGAAAAGGAAGCCAAATTTGAAAATCAAGTGCAAGAGGACATGAACGTCTTCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G07890.1
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G07890.1 (Glycine max), 3'ss of exon 23
lower sequence: Vv06s0004g03700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 22
gtaacatgagttaac-tattgctatactatgtgttccttcatcctctac-tccat--attgtcat--tgcatgtttgatttgtaaaacattcct-gtgttaccagAAACCTCCTGAGCTTGATGCTCCTCTCCTCGAGACAACTGAAGGAGGAGAAAAGGAAGCCAAATTTGAAAATCAAGTGCAAGAGGAC--ATGAACGTCTTCT-
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-----attagatatcctagagctatataagatgatgttctctacttttcatgcatgaattgttatattctgggtttaatgactactatattcatcaaatttgcagAACCCTCCTGAGCTTGATGCTCCTCCCTTGGAGACAACTGATGCTG---AAAAGGAAGTTAAATCTGTGGATCCTGAACTCCTGGATCTACAAACAAATATTT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctactccatattgtcattgcatgtttgatttgtaaaacattcctgtgttaccagAAACCTCCTGAGCTTGATGCTCCTCTCCTCGAGACAACTGAAGGAGGAGAAAAGGAAGCCAAATTTGAAAATCAAGTGCAAGAGGACATGAACGTCTTCT
                       gtttgat  putative branch site (score: 5)
                                        ttcctgt  putative PPT
                        tttgatttgtaaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaacatgagttaactattgctatactatgtgttccttcatcctctactccatattgtcattgcatgtttgatttgtaaaacattcctgtgttaccagAAACCTCCTGAGCTTGATGCTCCTCTCCTCGAGACAACTGAAGGAGGAGAAAAGGAAGCCAAATTTGAAAATCAAGTGCAAGAGGACATGAACGTCTTCT

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