Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggtgattctgatcttctttaaagatccttctcactgttgtatgcctgcttttgaacttatgtctttgctcttctacttagGTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACTTCGGAGGAATTGTTACCCTCCTTATGGGACAAATGCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G18840.1
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51344685|gb|CO985418.1|CO985418
EST:     GACTGTCAAAAATGGATCTTCGGAAGATGTTAAAATCCAGTTTATCTGGG                         GTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACT
genomic: GACTGTCAAAAATGGATCTTCGGAAGATGTTAAAATCCAGTTTATCTGGGgtatggtgat ... ttctacttagGTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACT
EST: gi|21602822|gb|BQ613153.1|BQ613153
EST:     GACTGTCAAAAATGGATCTTCGGAAGATGTTAAAATCCAGTTTATCTGGG                         GTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACT
genomic: GACTGTCAAAAATGGATCTTCGGAAGATGTTAAAATCCAGTTTATCTGGGgtatggtgat ... ttctacttagGTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACT
EST: gi|208321603|gb|GE120860.1|GE120860
EST:     GACTGTCAAAAATGGATCTTCGGAAGATGTTAAAATCCAGTTTATCTGGG                         GTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACT
genomic: GACTGTCAAAAATGGATCTTCGGAAGATGTTAAAATCCAGTTTATCTGGGgtatggtgat ... ttctacttagGTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACT
EST: gi|208062746|gb|GD860851.1|GD860851
EST:     AAAATGGATCTTCGGAAGATGTTAAAATCCAGTTTATCTGGG                         GTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACT
genomic: AAAATGGATCTTCGGAAGATGTTAAAATCCAGTTTATCTGGGgtatggtgat ... ttctacttagGTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACT
EST: gi|193460531|gb|FK427972.1|FK427972
EST:     AAAATGGATCTTCGGAAGATGTTAAAATCCAGTTTATCTGGG                         GTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACT
genomic: AAAATGGATCTTCGGAAGATGTTAAAATCCAGTTTATCTGGGgtatggtgat ... ttctacttagGTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccttctcactgttgtatgcctgcttttgaacttatgtctttgctcttctacttagGTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACTTCGGAGGAATTGTTACCCTCCTTATGGGACAAATGCAAG
  ttctcac  putative branch site (score: 2)
                                    tctttgctcttctact  putative PPT
                       ttttgaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatggtgattctgatcttctttaaagatccttctcactgttgtatgcctgcttttgaacttatgtctttgctcttctacttagGTTGACAAGTCTATTGCTGCAATGTATAAGAAACTGCAAAAGAATTTGACTTCGGAGGAATTGTTACCCTCCTTATGGGACAAATGCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA