Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatgattttccttttccttttccttttcaaagaaattgttacttgtttttcatatcctaaaaaaaataatgttggcagTGCAACTAGTGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTTGCAAAAGATATGGGAATCACGGTTGTTACTTCCTCACAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G31270.1
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19053550|gb|BM732217.1|BM732217
EST:     CGCTTGTTCTTTCATAAGCCCAAATTTGGTATTCTTGACGAGTGCACCAA                         TGCAACTAGTGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTTGCAAAAGATAT
genomic: CGCTTGTTCTTTCATAAGCCCAAATTTGGTATTCTTGACGAGTGCACCAAgtatgtatga ... atgttggcagTGCAACTAGTGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTTGCAAAAGATAT
EST: gi|10709930|gb|BF009654.1|BF009654
EST:     CGCTTGTTCTTTCATAAGCCCAAATTTGGTATTCTTGACGAGTGCACCAA                         TGCAACTAGTGTTGATGTTGAATAACACCTATATGGGCTTGCAAAAGATAT
genomic: CGCTTGTTCTTTCATAAGCCCAAATTTGGTATTCTTGACGAGTGCACCAAgtatgtatga ... atgttggcagTGCAACTAGTGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTTGCAAAAGATAT
EST: gi|9565283|gb|BE474792.1|BE474792
EST:     CGCTTGTTCTTTCATAAGCCCAAATTTGGTATTCTTGACGAGTGCACCAA                         TGCAACTAGTGNTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTTGCAAAAGATAT
genomic: CGCTTGTTCTTTCATAAGCCCAAATTTGGTATTCTTGACGAGTGCACCAAgtatgtatga ... atgttggcagTGCAACTAGTGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTTGCAAAAGATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttcaaagaaattgttacttgtttttcatatcctaaaaaaaataatgttggcagTGCAACTAGTGTTGATGTTGAAGAACACCTATATGGGCTTGCAAAAGATATGGGAATCACGGTTGTTACTTCCTCACAA
                               tcctaaa  putative branch site (score: 2)
                   ttgtttttcatatcct  TA-rich tract