Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtctctgtgtgtgtgcacgcgtgcgtgcgcatgtatcagtatgtgcatgttctttatagttgatgctggttgttttggtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATGCCTATGTAAAGCTCCAAACTGCCGGAAATTCATGAATTAGGAAGGATTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G41500.1
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G41500.1 (Glycine max), 3'ss of exon 23
lower sequence: GRMZM2G179814_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
-gtatgtctctgtgtgtgtgcac-----gcgtgcgtgcgcatgtatcagtatgtgcatg---ttctttatagttgatgctggttgttttggtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATGCCTATGTAAAGCTCCAAACTGCCGGAAATTCATGAATTAGGAAGGATTA
 |  || ||  |     |  ||      || |   |    |         |||  ||      |||  |  | | ||| |  ||| |||| |     ||||||||||||| |||| ||||| || ||| | || |||  |||||| |||||||| ||| |  || | ||||||||||||||||||||||||   |  |  
ggattggcttaggacaagaccaaaaacggcctatatttcgaaacggggtcatgaacacacaactctcgactgatcatgttatttgctttgttaattccagGTATGACTACCTGTTCGATCCAGACGAGGCCGATGAACGCAAAGTGCCATGCCTTTGTCAGACTGCTAACTGCCGGAAATTCATGAATTAGTTCGCTTAG

upper sequence: GLYMA04G41500.1 (Glycine max), 3'ss of exon 23
lower sequence: AT5G53430.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 22
gtatgtctctgtgtgtgtgca-cgcgtgcgtgcgcatgtatca-gtatgtgcatgttctttatagttgatgc--tggttgttttggtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATGCCTATGTAAAGCTCCAAACTGCCGGAAATTCATGAATTAGGAAGGATTA
            || |   || | |   | ||  |||   ||| ||||   | | |  || |  |   |||   ||| ||| |  ||||  |||| || || |||||||||||||| ||||| || || |||  ||| || || || ||||||||| | || |||||| |||||||||||||||||  ||  |||
------------gtatacacatcactctcttgaacataattcaagtatcaccctttgattcactgaatatgacatggctgtgtgtgtttttgcagATACGATTACTTGTTTGATCCAGATGAACCTGATGAATTCAAGGTGCCGTGTCTATGTAAATCCCCCAACTGCAGGAAATTCATGAATTAGAGAGTTTTA

upper sequence: GLYMA04G41500.1 (Glycine max), 3'ss of exon 23
lower sequence: AT4G27910.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 22
gtatgtctctgtgtgtgtgcacgcgtgcgtgcgcatgtatcagtatgtgcatgttctttatagttgatgctg-gttgttttg-gtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATGCCTATGTAAAGCTCCAAACTGCCGGAAATTCATGAATTAGGAAGGATTA
|||     |   |  | |  |    | |     | |  |||   |  ||  || |  | |||||| | |    ||||| | | |||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||| ||||||||  ||| || |||||| |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| |  ||   
gtaca---caacgcatttctatatatac-cattcttcaatctaaagctgattgattgtcatagtttaagaaatgttgtgtggtgttttggcagGTATGATTACTTATTTGATCCAGACGAGGCAGAGGAACTCAAGGTGCCATGCTTATGTAAAGCCCCTAACTGCAGGAAATTCATGAATTAGAATAGAAAG

upper sequence: GLYMA04G41500.1 (Glycine max), 3'ss of exon 23
lower sequence: Vv16s0098g00350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 23
----gtatgtctctgtgtgtgtgcacgcgtgcgtgcgcatgtatcagtatgtgcatgttct-----ttatagttgatgctggttgttttggtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATGCCTATGTAAAGCTCCAAACTGCCGGAAATTCATGAATTAGGAAGGATTA
     |    |    |  |  | ||       |    |||  | | |    | ||||||       || |  |  |   ||  || | | || |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||  ||| ||||| ||  | |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |     |
agatttcaaacaaattcagacttcagataaaagaaaacatacaccggccactacatgtttagagtgttgtgataaactatgtatggtgttgtgtttgcagGTATGACTACTTGTTTGATCCCGATGAGCCGGACGAATGCAAGGTCCCCTGTTTGTGTAAAGCTCCAAACTGCAGAAAATTCATGAATTAGGTATTTACA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51345213|gb|CO985946.1|CO985946
EST:     CGGATTGTACTCATCGCTANNACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAAC                         GTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGANNAAAACAAAGTCCCATG
genomic: CGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctct ... gtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATG
EST: gi|193518211|gb|FK473570.1|FK473570
EST:     CGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAAC                         GTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATG
genomic: CGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctct ... gtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATG
EST: gi|51336033|gb|CO979899.1|CO979899
EST:     CGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAAC                         GTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATG
genomic: CGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctct ... gtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatcagtatgtgcatgttctttatagttgatgctggttgttttggtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATGCCTATGTAAAGCTCCAAACTGCCGGAAATTCATGAATTAGGAAGGATTA
                         agttgat  putative branch site (score: 5)
                 ttctttata  TA-rich tract