Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctatctggaattcagcttactctgatatatggacttcggactgctgatgttttacttctatactgagtgcagGTGTGGCGTATGCCAAAACTTTGGGTTGGATTCTTAAAATGTGTATATCAGACACAGCCTCGTTCTTTTCATGTATTATTGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G09480.1
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G09480.1 (Glycine max), 3'ss of exon 23
lower sequence: Vv18s0001g08140.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 19
-----------------------------gtatgctatctggaattcagcttactctgatatatggacttcggactgctgatgttttacttctatactgagtgcagGTGTGGCGTATGCCAAAACTTTGGGTTGGATTCTTAAAATGTGTATATCAGACACAGCCTCGTTCTTTTCATGTATTATTGCAG
                             |||||   | |  || |||| |||      | |||||       |||| | || || ||  | | |   || ||||||||||| | ||||||||  | ||||| || ||||| |||||||| | |||||||||||| | |||||| | |||| | || |||
caaaaataaagaagaaagaaaaaatgtgtgtatgg-gtttataagtcag-ttatcagcgtctatgggac---aactgattat-ttgtatatttgtgtcgaatgcagGTGTGGAGAATGCCAAAGTTGTGGGTCGGGTTCTTGAAATGTGTGTCTCAGACACAGCCACATTCTTTCCGTGTACTGTTACAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tactctgatatatggacttcggactgctgatgttttacttctatactgagtgcagGTGTGGCGTATGCCAAAACTTTGGGTTGGATTCTTAAAATGTGTATATCAGACACAGCCTCGTTCTTTTCATGTATTATTGCAG
                        tgctgat  putative branch site (score: 3)
     tgatatat  TA-rich tract