Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgaattttatttccttttgtttttatttttgcccaaattcatttctttttgttcatgttcagttccttgtttagtctggtgttttccgaacagaattcttgtgttgtctgactttacttaaaacttgcagATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCAGCTTTTCGAATGTCGCCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAGTCTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G02640.1
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G02640.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
lower sequence: LOC_Os05g05780.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 22
gtgtgaattttatttccttttgtttttatttttgcccaaattcatttctttttgttcatgttcagttccttgtttagtctggtgttttccgaacagaattcttgtgttgtctgactttacttaaaacttgcagATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCAGCTTTTCGAATGTCGCCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAGTCTC
                              | |||   |   || || ||  ||  ||  || ||  ||||  ||  | | |  ||||   |||||    |||||||   ||               || ||| |||| ||| | |||||||| || || || || ||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| 
-----------------------------gtatgctacaccacaattgttcctgaacaatttaagcccctttctt--ttttgcatttt---aacag----cttgtgt---cta--------------ttacagTTATGCATGGTGCACAAACTCGGATACGGAAACTGGGATGAACTGAAAGCAGCCTTTCGCATGTCGCCCTTGTTCCGATTTGATTGGTTTGTGAAGTCTA

upper sequence: GLYMA17G02640.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
lower sequence: LOC_Os01g27040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 22
gtgtgaattttatttccttttgtttttatttttgcccaaattcatttctttttgttcatgttcagttccttgtttagtctggtgttttccgaacagaattcttgtgttgtctgactttacttaaaacttgcagATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCAGCTTTTCGAATGTCGCCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAGTCTC
                                           ||    | |  | |    ||| || ||       | ||    ||| | |||   |         ||||| | |     | | | || ||| | || ||| | || || ||||| ||||| || ||||||||  |||| || || || || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  
-----------------------------------------gtatgctctatcataccatctcactttctgcacacatttg----ttttcaaacgtgaca-------tgtctaattagttgtcacattt-cagCTTTGCATGGTGCATAAGCTTGGTTATGGAAACTGGGATGAACTGAAAGCTGCCTTCCGCATGTCGCCTTTGTTCCGATTTGATTGGTTTGTCAAGTCCA

upper sequence: GLYMA17G02640.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
lower sequence: GRMZM2G010085_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
gtgtgaattttatttccttttgtttttatttttgcccaaattcatttctttttgttcatgttcagttccttgtttagtctggtgttttccgaacagaattcttgtgttgtctgactttacttaaaacttgcagATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCAGCTTTTCGAATGTCGCCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAGTCTC
                                           || | ||| |   ||||||        ||| || |   || |||   ||  | |   | || | |      ||  | ||| |  || ||| | || ||| | ||||||||||| ||||| || ||||||||  |||| || || || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  
-----------------------------------------gtatgtttttctcaccatgtta-------tgtgtatttatgtattt---gagtacatgacatg-gctactaagctggagttaca--ttccagCTTTGCATGGTGCACAAACTTGGATATGGAAACTGGGATGAACTGAAAGCTGCCTTCCGTATGTCTCCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTGAAGTCCA

upper sequence: GLYMA17G02640.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
lower sequence: AT3G06400.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 22
gtgtgaattttatttccttttgtttttatttttgcccaaattcatttctttttgttcatgttcagttccttgtttagtctggtgttttccga-acagaattcttg--tgttgtctgactttacttaaaacttgcagATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCAGCTTTTCGAATGTCGCCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAGTCTC
                                           || ||||||| |   |   |  ||   ||||  ||||  |   ||     |   | || |||  |||||    |||||  |    |    ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||| ||| | |  ||| |  ||||  | ||||| |||||||| || || |
-----------------------------------------gtatgtctttttctcgtttccctttttgctgttctgtctcattaattatatcatgaagtttttgactgttgaggaactttggtggtgaaaaacagATCTGCATGATTCACAAACTTGGTTATGGGAATTGGGATGAGCTAAAGGCAGCATTTAGGACATCGTCTGTGTTCAGGTTTGACTGGTTTGTGAAATCCC

upper sequence: GLYMA17G02640.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
lower sequence: Vv05s0020g01780.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 22
gtgtgaattttatttccttttgtttttatttttgcccaaattcatttctttttgttcatgttcagttccttgtttagtctggtgttttccgaacagaattcttgtgttgtctgactttacttaaaacttgcagATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCAGCTTTTCGAATGTCGCCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAGTCTC
||| |||||  | |    | | |  ||  |||    |||||            |||  |||     |  ||||||         | ||||||   | |||| ||  |       |  ||||| |    || ||||||| ||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||| ||||| |  || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||
gtgagaattgcaatcatctctctagtttgtttgatacaaat------------gttggtgt----gtttttgtttgacgattgatcttccgagt-gtattcatgcct-------ccatacttca----tgtagATATGCATGGTTCACAAACTTGGATATGGGAACTGGGATGAGCTGAAGGCAGCATTTCGCACTTCTCCCTTGTTTCGTTTTGATTGGTTTGTAAAGTCTC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193594415|gb|FK545434.1|FK545434
EST:     ATGGACAAAACAAAGGGAAGTTATACAATGAAGAATGTGACCGATTCATG                         ATTTGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCA
genomic: ATGGACAAAACAAAGGAAAGTTATACAATGAAGAATGTGACCGATTCATGgtgtgaattt ... aaacttgcagATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCA
EST: gi|23734541|gb|BU765507.1|BU765507
EST:     ATGGACAAAACAAAGGAAAGTTATACAATGAAGAATGTGACCGATTCATG                         ATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCA
genomic: ATGGACAAAACAAAGGAAAGTTATACAATGAAGAATGTGACCGATTCATGgtgtgaattt ... aaacttgcagATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCA
EST: gi|13790494|gb|BG653094.1|BG653094
EST:     GGAAAGTTATACAATGAAGAATGTGACCGATTCATG                         ATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCA
genomic: GGAAAGTTATACAATGAAGAATGTGACCGATTCATGgtgtgaattt ... aaacttgcagATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCA
EST: gi|193367197|gb|FK330315.1|FK330315
EST:     ATGGACAAAACAAAGGAAAGTTATACAATGAAGAATGTGACCGATTCATG                         ATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAAATTGGGATGAG
genomic: ATGGACAAAACAAAGGAAAGTTATACAATGAAGAATGTGACCGATTCATGgtgtgaattt ... aaacttgcagATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAA-TTGGGATGAG
EST: gi|208242340|gb|GE043298.1|GE043298
EST:     GAAAGTTATACAATGAAGAATGTGACCGATTCATG                         ATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGA
genomic: GAAAGTTATACAATGAAGAATGTGACCGATTCATGgtgtgaattt ... aaacttgcagATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctggtgttttccgaacagaattcttgtgttgtctgactttacttaaaacttgcagATATGTATGATTCACAAACTTGGCTATGGTAATTGGGATGAGTTGAAGGCAGCTTTTCGAATGTCGCCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAGTCTC
                              gtctgac  putative branch site (score: 3)
                                     tttacttaaaactt  TA-rich tract