Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacaaattttatgtctttcaattttttttttctttctaggtctagctccatcatccttctatcggtttctaaaaaaattgctataaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAGCATTTCGAACATCACCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAATCTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G10370.1
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G10370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
lower sequence: LOC_Os05g05780.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 22
gtacaaattttatgtctttcaattttttttttctttctaggtctagctccatcatccttctatcggtttctaaaaaaattgctataaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAGCATTTCGAACATCACCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAATCTC
            | |  | ||      || ||| |      | ||   || |     || |    |  | | || |  |||     |  |||||| ||||||||||||||||||| || || || |||||||||||  | || ||||| ||||| |  || |||||||| ||||||||||||||||| || ||| 
-----------gtatgctacaccacaattgttcctgaacaatttaagcccctttctttttt----gcattttaacagcttgtgtcta--ttacagTTATGCATGGTGCACAAACTCGGATACGGAAACTGGGATGAACTGAAAGCAGCCTTTCGCATGTCGCCCTTGTTCCGATTTGATTGGTTTGTGAAGTCTA

upper sequence: GLYMA15G10370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
lower sequence: GRMZM2G010085_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
gtacaaattttatgtctttcaattttttttttctttctaggtctagctccatcatccttctatcggtttctaaaaaaattgctataaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAGCATTTCGAACATCACCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAATCTC
    |  ||||   |||  | || || | | | ||| |   | |   | ||| |     |||             ||  ||   | |  || ||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  | || || || || || |  || |||||||||||||||||||||||||| || ||  
--gtatgtttt---tctcaccatgttatgtgtatttatgtatttgagtacatgacatggctact-----------aagctggagttacattccagCTTTGCATGGTGCACAAACTTGGATATGGAAACTGGGATGAACTGAAAGCTGCCTTCCGTATGTCTCCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTGAAGTCCA

upper sequence: GLYMA15G10370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
lower sequence: AT3G06400.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 22
gtacaaattttatgtctttcaatttttttt-ttctttctaggtctagctccatcatccttctatcggtttctaaaaaaatt-gctataaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAGCATTTCGAACATCACCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAATCTC
|||    ||||     ||||  |||||  | |||| |||     ||  |  |||||     | | |  |  | |  || || | |    |   |||||| |||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||  |  ||||  | ||||| |||||||| ||||| |
gtatgtctttttctcgtttccctttttgctgttctgtctca--ttaattatatcatgaagtttttgactgttgaggaactttggtggtgaaaaacagATCTGCATGATTCACAAACTTGGTTATGGGAATTGGGATGAGCTAAAGGCAGCATTTAGGACATCGTCTGTGTTCAGGTTTGACTGGTTTGTGAAATCCC

upper sequence: GLYMA15G10370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
lower sequence: AT5G18620.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 22
gtacaaattttatgtctttcaattttttttttctttctaggtctagctccatcatccttctatcggtttctaaaaaaattgctataaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAGCATTTCGAACATCACCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAATCTC
|||  |  | ||| |  |  || | ||| ||    | |   | |   |   | || ||  ||| | | |  |    |    ||    |||  |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||| | ||||| |||||||| ||||| |
gtatgacatctat-ttatcaaactctttgttgagatttcattgttattgttttattctaatat-gatattgacccgatgaacttgtgattatcagATATGCATGGTCCATAAACTTGGGTATGGAAACTGGGATGAGCTAAAGGCAGCGTTTCGGACATCCCCCTTGTTTAGGTTTGACTGGTTTGTAAAATCCC

upper sequence: GLYMA15G10370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
lower sequence: Vv05s0020g01780.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 22
gtacaaattttatgtctttcaattttttttttctttctaggtctagctccatcatcctt--ctatcggt-ttctaaaaaaattg----ctataaattt---acagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAGCATTTCGAACATCACCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAATCTC
||   ||||  |    | ||  |  ||| |||  | | |    | |     |  |  ||  | || | | |||  |    |||     ||  | | ||     ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||
gtgagaattgcaatcatctctctagtttgtttgatacaaatgttggtgtgtttttgtttgacgattgatcttccgagtgtattcatgcctccatacttcatgtagATATGCATGGTTCACAAACTTGGATATGGGAACTGGGATGAGCTGAAGGCAGCATTTCGCACTTCTCCCTTGTTTCGTTTTGATTGGTTTGTAAAGTCTC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208266252|gb|GE065455.1|GE065455
EST:     ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATATGCATGGTG
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTG
EST: gi|58023312|gb|CX710053.1|CX710053
EST:     ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: gi|10238767|gb|BE807655.1|BE807655
EST:     ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: gi|193422520|gb|FK387599.1|FK387599
EST:     ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAACGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGGAACTGGGGATGAG
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGG-AACTGGG-ATGAG
EST: gi|207726112|gb|GD701456.1|GD701456
EST:     ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: gi|57575241|gb|CX548216.1|CX548216
EST:     ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: gi|192313279|gb|FK005051.1|FK005051
EST:     ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: gi|5666886|gb|AI930922.1|AI930922
EST:     ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATATGCATGGCGCACAAACTTGGCTATGGGAACT
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACT
EST: gi|31561349|gb|CD487187.1|CD487187
EST:     ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATGTGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: gi|18692734|gb|BM521582.1|BM521582
EST:     ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: gi|7796461|gb|AW781858.1|AW781858
EST:     ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: gi|7589626|gb|AW705396.1|AW705396
EST:     ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: gi|192299915|gb|FG991789.1|FG991789
EST:     AAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG                         ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAG-CA
genomic: AAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtctagctccatcatccttctatcggtttctaaaaaaattgctataaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAGCATTTCGAACATCACCCTTGTTTCGATTTGATTGGTTTGTCAAATCTC
                           ttctaaa  putative branch site (score: 2)
                          tttctaaaaaaattgc  TA-rich tract