Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttctataatcttttgtacttttcttggtatccaaatctactttagcagtttagctacaatttttttcactctgggggtgtttatgatgtagATGGCAAAGCAAACAATGGCATTTTCTTCACAAACTATTCAACATCGTGCAGACCAAAAGTTATATCATCTTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G26190.1
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58018270|gb|CX705012.1|CX705012
EST:     CCATGTTCAGATCAT-ATCCAGAGTCCACGAAATATGTACCAGTGTCAG                         ATGGCAAAGCAAACAATGGCATTTTCTTCACAAACTATTCAACATCGTGCA
genomic: CCATGGTCAGATCATAAT-CAGAGTCCACGAAATATGTACCAGTGTCAGgttctataat ... tatgatgtagATGGCAAAGCAAACAATGGCATTTTCTTCACAAACTATTCAACATCGTGCA
EST: gi|193380922|gb|FK346485.1|FK346485
EST:     CACCATGGTCAGATCATAATCAGAGTCCACGAAATATGTACCAGTGTCAG                         ATGGCAAAGCAAACAATGGCATTTTCTTCACAAACTATTCAACATCGTGCA
genomic: CACCATGGTCAGATCATAATCAGAGTCCACGAAATATGTACCAGTGTCAGgttctataat ... tatgatgtagATGGCAAAGCAAACAATGGCATTTTCTTCACAAACTATTCAACATCGTGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctactttagcagtttagctacaatttttttcactctgggggtgtttatgatgtagATGGCAAAGCAAACAATGGCATTTTCTTCACAAACTATTCAACATCGTGCAGACCAAAAGTTATATCATCTTCAG
                  tacaatttttttca  TA-rich tract