Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatatttgaaatcctaaaggacggtatatgattctatgaatttttatgctttggttgatgataacatgtttttttctcatctccacttgatgttgcctagGCCTATCTGTCAGACAAAGAGTTCCAAGCTGTATTTGGAATGGCCAAAGATGCATTCTCCAAGTTGCCAAGATGGAAGCAAGACATGCTGAAAAGAAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G29280.1
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G29280.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
lower sequence: Vv08s0007g08690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 21
tatatttgaaatcctaaaggacggtatatgattctatgaatttttatgctttggttgatgataacatgtttttttctcatctccacttgatgttgcctagGCCTATCTGTCAGACAAAGAGTTCCAAGCTGTATTTGGAATGGCCAAAGATGCATTCTCCAAGTTGCCAAGATGGAAGCAAGACATGCTGAAAAGAAAAG
  |   |  ||   ||||      ||| |  || ||  | |  | ||| |||  ||    ||  ||      |||| | | | || | |         ||||||||||||||||  | ||||||||  | ||| | || ||| ||||||| |||||||  || ||||| | ||||||||||||||||   || |  ||||
-gttggttcaactttaaatatgactatttcgtttta-aattcctcatgtttttatttgcaatttcaaaaaaatttccc-tttgcattcg--------cagGCCTATCTGTCAGATGAGGAGTTCCAGACCGTACTGGGGATGACCAAAGACGCATTCTATAAATTGCCCAAATGGAAGCAAGACATGACAAAGAAGAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192316691|gb|FK006394.1|FK006394
EST:     AGACCAAATCTGGTAGTGTTGTGTCTGGAATTGATCTTAAACGGAGAGAG                         GCCTATCTGTCAGACAAAGAGTTCCAAGCTGTATTTGGAATGGCCAAAGAT
genomic: AGACCAAATCTGGTAGTGTTGTGTCTGGAATTGATCTTAAACGGAGAGAGgttagtcttg ... tgttgcctagGCCTATCTGTCAGACAAAGAGTTCCAAGCTGTATTTGGAATGGCCAAAGAT
EST: gi|58018505|gb|CX705247.1|CX705247
EST:     AGACCAAATCTGGTAGTGTTGTGTCTGGAATTGATCTTAAACGGAGAGAG                         GCCTATCTGTCAGACAAAGAGTTCCAAGCTGTATTTGGAATGGCCAAAGAT
genomic: AGACCAAATCTGGTAGTGTTGTGTCTGGAATTGATCTTAAACGGAGAGAGgttagtcttg ... tgttgcctagGCCTATCTGTCAGACAAAGAGTTCCAAGCTGTATTTGGAATGGCCAAAGAT
EST: gi|192316692|gb|FK006395.1|FK006395
EST:     AGACCAAATCTGGTAGTGTTGTGTCTGGAATTGATCTTAAACGGAGAGAG                         GCCTATCTGTCAGACAAAGAGTTCCAAGCTGTATTTGGAATGGCCAAAGAT
genomic: AGACCAAATCTGGTAGTGTTGTGTCTGGAATTGATCTTAAACGGAGAGAGgttagtcttg ... tgttgcctagGCCTATCTGTCAGACAAAGAGTTCCAAGCTGTATTTGGAATGGCCAAAGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgctttggttgatgataacatgtttttttctcatctccacttgatgttgcctagGCCTATCTGTCAGACAAAGAGTTCCAAGCTGTATTTGGAATGGCCAAAGATGCATTCTCCAAGTTGCCAAGATGGAAGCAAGACATGCTGAAAAGAAAAG
               ataacatgttttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatatttgaaatcctaaaggacggtatatgattctatgaatttttatgctttggttgatgataacatgtttttttctcatctccacttgatgttgcctagGCCTATCTGTCAGACAAAGAGTTCCAAGCTGTATTTGGAATGGCCAAAGATGCATTCTCCAAGTTGCCAAGATGGAAGCAAGACATGCTGAAAAGAAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgatg