Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

tatgttgcaaacttgtaatttctctcttatttgcaagttgtatgcaactaatatgtctgataataaagaagcacaatgtgaaacttcttttggttttggggtaagaagatgctgtttaaattccgtaattattatttccctcccctcttattttgttacagaTCGCGCAAGAAGGATAAGCTTAGGTATCGTTATCCTCGGGGTGAGTCATACTTGGATGTCATTCAAAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G06770.1
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8669465|gb|BE190572.1|BE190572
EST:     ATGGTATGACATATGCAGAAATCAAGAAAAACATGCCAGAGGAGTATGAA                         TCGCGCAAGAAGGATAAGCTTAGGTATCGTTATCCTCGGGGTGAGTCATAC
genomic: ATGGTATGACATATGCAGAAATCAAGAAAAACATGCCAGAGGAGTATGAGtatgttgcaa ... ttgttacagaTCGCGCAAGAAGGATAAGCTTAGGTATCGTTATCCTCGGGGTGAGTCATAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatgctgtttaaattccgtaattattatttccctcccctcttattttgttacagaTCGCGCAAGAAGGATAAGCTTAGGTATCGTTATCCTCGGGGTGAGTCATACTTGGATGTCATTCAAAGG
                     ttattatttccctccc  CT-rich tract
       tttaaattccgtaatt  TA-rich tract