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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtcattcctttctatgctggatttattaattttatttgtaactataatttacatttctggtaatgtcttctgctagTCTCATGCCAAGCTACAATGGAATCTTGACTATCAGTTGTATCCGGACATTGACCCAGATTGCATTAAAGCTTTCAGGGTTCATTCCTCTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G13080.2
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23052735|gb|BU577226.1|BU577226
EST:     TTACTGTCATCACTCCTCAAACGCATTGACCGGCTTCTACAATTTGATAG                         TCTCATGCCAAGCTACAATGGAATCTTGACTATCAGTTGTATCCGGACATT
genomic: TTACTGTCATCACTCCTCAAACGCATTGACCGGCTTCTACAATTTGATAGgtgtcattcc ... cttctgctagTCTCATGCCAAGCTACAATGGAATCTTGACTATCAGTTGTATCCGGACATT
EST: gi|5058335|gb|AI736811.1|AI736811
EST:     ACTCCTCAAACGCATTGACCGGCTTCTACAATTTGATAG                         TCTCATGCCAAGCTACAATGGAATCTTGACTATCAGTTGTATCCCGACATT
genomic: ACTCCTCAAACGCATTGACCGGCTTCTACAATTTGATAGgtgtcattcc ... cttctgctagTCTCATGCCAAGCTACAATGGAATCTTGACTATCAGTTGTATCCGGACATT
EST: gi|18041385|gb|BM309679.1|BM309679
EST:     TTACTGTCATCACTCCTCAAACGCATTGACCGGCTTCTACAATTTGATAG                         TCTCATGCCAAGCTACAATGGAATCTTGACTATCAGTTGTATCCGGACATT
genomic: TTACTGTCATCACTCCTCAAACGCATTGACCGGCTTCTACAATTTGATAGgtgtcattcc ... cttctgctagTCTCATGCCAAGCTACAATGGAATCTTGACTATCAGTTGTATCCGGACATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttattaattttatttgtaactataatttacatttctggtaatgtcttctgctagTCTCATGCCAAGCTACAATGGAATCTTGACTATCAGTTGTATCCGGACATTGACCCAGATTGCATTAAAGCTTTCAGGGTTCATTCCTCTT
              ttgtaac  putative branch site (score: 2)
                                            tcttctgct  putative PPT
     taattttatttgtaac  TA-rich tract