Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgtggaaaaatgtaggaattttttggtttctacattcatttatcaatgacttttaatgtgaaatgttgcagCTTCATGGGAAATCCATTATTATGTGGAAATTGGTTGGGATCCATATGTGATCCTTACATGCCAAAATCCAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G27950.1
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G27950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 21
lower sequence: Vv16s0022g02030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 21
gtattgtggaaaaatgtaggaattttttggtttctacattcatttatcaatgacttttaatgtgaaatgttgcagCTTCATGGGAAATCCATTATTATGTGGAAATTGGTTGGGATCCATATGTGATCCTTACATGCCAAAATCCAAAG
        | | |   |   |  ||| | ||||   ||    ||| |  |  | | |   ||||      ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || ||||  || ||  | || ||||||| ||
--------gtacaccatcaaacctttctagttttaccaaatttttttgtactaatatatttgtgtg----tgcagCTTCATTGGAAACCCATTATTATGTGGCAACTGGTTGGGATCAATCTGTGGCCCATATGTTCCCAAATCCAGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattttttggtttctacattcatttatcaatgacttttaatgtgaaatgttgcagCTTCATGGGAAATCCATTATTATGTGGAAATTGGTTGGGATCCATATGTGATCCTTACATGCCAAAATCCAAAG
                                  ttttaat  putative branch site (score: 3)
                 attcatttatcaat  TA-rich tract