Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcagattgatttacttcaaagaataattttattttctagtgttcattgcttgttatgatgtcattgccttgttacgttatccttatgccaatgcattttcaattgcagGTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTCATAGTGTATGCTATGGTGAGCTTTGAATGGAAAGTGGAGAAGTTCTTTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G01860.1
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13562742|gb|BG550962.1|BG550962
EST:     GAGAAAGAGCTGCTGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAG                         GTCTTTTGCGAAATACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
genomic: GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAGgtaagcagat ... tcaattgcagGTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
EST: gi|151406392|gb|EV276207.1|EV276207
EST:     GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAG                         GTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
genomic: GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAGgtaagcagat ... tcaattgcagGTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
EST: gi|15001087|gb|BI321901.1|BI321901
EST:     GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAG                         GTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
genomic: GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAGgtaagcagat ... tcaattgcagGTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
EST: gi|151401523|gb|EV271337.1|EV271337
EST:     GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAG                         GTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
genomic: GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAGgtaagcagat ... tcaattgcagGTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
EST: gi|14205882|gb|BG839560.1|BG839560
EST:     GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATG-TCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAG                         GTTCTTTTTGTGAAGTNCCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCAC
genomic: GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAGgtaagcagat ... tcaattgcagG-TC-TTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCAC
EST: gi|16995911|gb|BM085283.1|BM085283
EST:     GAGAAAGAGCTGCTGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAG                         GTCTTTTGCGAAATACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
genomic: GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAGgtaagcagat ... tcaattgcagGTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
EST: gi|10231389|gb|BE800277.1|BE800277
EST:     GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTANCACAG                         GTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
genomic: GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAGgtaagcagat ... tcaattgcagGTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
EST: gi|192328785|gb|FK022557.1|FK022557
EST:     GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAG                         GTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
genomic: GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAGgtaagcagat ... tcaattgcagGTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
EST: gi|21888177|gb|BQ741390.1|BQ741390
EST:     GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAG                         GTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
genomic: GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAGgtaagcagat ... tcaattgcagGTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTC
EST: gi|9564838|gb|BE474347.1|BE474347
EST:     GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAG                         GTCTATTGTGAAGTACC
genomic: GAGAAAGAGCTGCCGGAATGTATGCTCCTTTGCCTTATGCCTTAGCACAGgtaagcagat ... tcaattgcagGTCTTTTGTGAAGTACC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgatgtcattgccttgttacgttatccttatgccaatgcattttcaattgcagGTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTCATAGTGTATGCTATGGTGAGCTTTGAATGGAAAGTGGAGAAGTTCTTTT
                                        cattttc  CT-rich tract
                                         attttcaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagcagattgatttacttcaaagaataattttattttctagtgttcattgcttgttatgatgtcattgccttgttacgttatccttatgccaatgcattttcaattgcagGTCTTTTGTGAAGTACCATATGTGTTTTTCCAAACTGTTTATTACTCACTCATAGTGTATGCTATGGTGAGCTTTGAATGGAAAGTGGAGAAGTTCTTTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT