Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgggcatttcatttgatttatatataattcaaccttttagccatctgagtttcctgatgaatttgacagGCTACGTTGGGGTTCTTTGCTATACCAAATGATCCTGTTGATGTTGTCAATCCCCTTATAGACAACTTGATTACTCTTTTATGTGCAATTCTTCTCACTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G37090.1
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G37090.1 (Glycine max), 3'ss of exon 20
lower sequence: Vv08s0007g04630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 33
-------------------------gtatgggcatttcatttga-tttatatataattca-accttttagccatc----tgagtttcctgat--gaatttgacagGCTACGTTGGGGTTCTTTGCTATACCAAATGATCCTGTTGATGTTGTCAATCCCCTTATAGACAACTTGATTACTCTTTTATGTGCAATTCTTCTCACTG
                          ||||    |  |||| ||  || | |   || |  |  | |||| ||      ||| | ||||  |  |||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||| ||   |||||||||  |||||||||| || ||| | || |||||  |||||||||| ||||| ||  
gtgaactgcactgtttattgtgattatatgtcagtaacattggaacttctgttctatgcttatttattagtcactgttgtgaatatccttctttgaatttgacagGCTACCTTAGGATTCTTTGCTTTACCAAATGAGCCGTCTGATGTTGTTGATCCCCTTATTGATAACCTTATCACTCTCCTATGTGCAATACTTCTAACAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193540080|gb|FK499036.1|FK499036
EST:     TCTCTGTGGAACCAAAGCTAACAGTTGAAACTAGAAGCCATGTAATGAAG                         GCTACGTTGGGGTTCTTTGCTATACCAAATGATCCTGTTGATGTTGTCAAT
genomic: TCTCTGTGGAACCAAAGCTAACAGTTGAAACTAGAAGCCATGTAATGAAGgtatgggcat ... aatttgacagGCTACGTTGGGGTTCTTTGCTATACCAAATGATCCTGTTGATGTTGTCAAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatttatatataattcaaccttttagccatctgagtttcctgatgaatttgacagGCTACGTTGGGGTTCTTTGCTATACCAAATGATCCTGTTGATGTTGTCAATCCCCTTATAGACAACTTGATTACTCTTTTATGTGCAATTCTTCTCACTG
                                     tcctgat  putative branch site (score: 3)
     atatataattcaa  TA-rich tract