Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcatcttgagtttgcttctttttttttcctgtcattacagcatgtcattattattttgtgtccttgtttgtggtatcgatgatatgtatacacaaggtttttatttttttgcaaatgttaaattctcataatactcctgtcttattggtatttattccagGTGATTGCTGATGTTGTTAGCATTATAATGGAAAAAATTGATATCATTACACTTGAGATATGTGCTGGTCTTCTGCCACTTCTAACTGATCTTCTACAAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G00890.1
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208082128|gb|GD881310.1|GD881310
EST:     ATGGATGATCATGCT                         GTGATTGCTGATGTTGTTAGCATTATAATGGAAAAAATTGATATCATTACA
genomic: ATGGATGATCATGCTgtgagcatct ... tttattccagGTGATTGCTGATGTTGTTAGCATTATAATGGAAAAAATTGATATCATTACA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttgcaaatgttaaattctcataatactcctgtcttattggtatttattccagGTGATTGCTGATGTTGTTAGCATTATAATGGAAAAAATTGATATCATTACACTTGAGATATGTGCTGGTCTTCTGCCACTTCTAACTGATCTTCTACAAA
                                             tttattcc  CT-rich tract
       aaatgttaaattctca  TA-rich tract