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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttatctttttaaagctcctattttcccctaatttggaaaccaatgagatttacctgttctcctaatgtatattaaacttgcagATTAGGGTCCCATATCGACCAATAGATTCTAAGATTATTGCACTTACAGCAGATCGTGACAAACTTCCTTCTGGAAAACAGATTCTGGCACTGACTCTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G30190.2
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6666526|gb|AW277920.1|AW277920
EST:     AAACTCTACTGGCATCTGAGGAACTTGCACCTGTGGCAATTCTAAACAAG                         ATTAGGGTCCCATATCGACCAATAGATTCTAAGATTATTGCACTTACAGCA
genomic: AAACTCTACTGGCATCTGAGGAACTTGCACCTGTGGCAATTCTAAACAAGgttatctttt ... aaacttgcagATTAGGGTCCCATATCGACCAATAGATTCTAAGATTATTGCACTTACAGCA
EST: gi|6070143|gb|AW099711.1|AW099711
EST:     AAACTCTACTGGCATCTGAGGAACTTGCACCTGTGGCAATTCTAAACAAG                         ATTATGGTCCCATATCGACCAATAGATTCTAAGATTATTGCACTTACAGCA
genomic: AAACTCTACTGGCATCTGAGGAACTTGCACCTGTGGCAATTCTAAACAAGgttatctttt ... aaacttgcagATTAGGGTCCCATATCGACCAATAGATTCTAAGATTATTGCACTTACAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatttggaaaccaatgagatttacctgttctcctaatgtatattaaacttgcagATTAGGGTCCCATATCGACCAATAGATTCTAAGATTATTGCACTTACAGCAGATCGTGACAAACTTCCTTCTGGAAAACAGATTCTGGCACTGACTCTGA
                               tcctaat  putative branch site (score: 2)
                                  taatgtatattaaact  TA-rich tract