Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgaatctaatctcttgtaattttagacggaattttttaattttcttaaatatttttgtttcatactgcacgccccttaaaaagacttcaattccttaaagacatttgttataatttagaatattctctttaatggtttttaacgttggtcactctgttctgtaagGCACGCTTGTTCTTTCACGAGCCCAAATTCGGTATCCTTGACGAGTGCACCAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G14480.1
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22932839|gb|BU549978.1|BU549978
EST:     AAATGGGAAGACATTCTTTCTCTTGGAGAACAGCAAAGATTGGGGATG                         GCACGCTTGTTCTTTCACGAGCCCAAATTCGGTATCCTTGACGAGTGCANC
genomic: AAATGGGAAGACATTCTTTCTCTTGGAGAACAGCAAAGATTGGGGATGgtatgtgaat ... gttctgtaagGCACGCTTGTTCTTTCACGAGCCCAAATTCGGTATCCTTGACGAGTGCACC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatttagaatattctctttaatggtttttaacgttggtcactctgttctgtaagGCACGCTTGTTCTTTCACGAGCCCAAATTCGGTATCCTTGACGAGTGCACCAA
                          ttttaac  putative branch site (score: 2)
                                         ctctgttct  putative PPT
        aatattctctttaat  TA-rich tract