1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' |
...ataatttgctttgaaacagctgcatgcttgaagactgtcttgtatgtttatgtgagtataattattctcatttctaaaataaattttgcaaacaatgcagAGTTGGTCTTGTTGAAGTTCTTCTTGGTCTTCTTGATTGGAGGGCTGGCGGAAGGAATGGCTTTTGTTCTCAGATGAAGTGGAATGAATCTGAAGCGTCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G08040.2 |
intron # | 20 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGATGCTCTTGTTGCGCAGGGACTTAA AGTTGGTCTTGTTGAAGTTCTTCTTGGTCTTCTTGATTGGAGGGCTGGCGGEST: gi|120532666|gb|EH260799.1|EH260799
genomic: GGGATGCTCTTGTTGCGCAGGGACTTAAgtgagtagct ... aacaatgcagAGTTGGTCTTGTTGAAGTTCTTCTTGGTCTTCTTGATTGGAGGGCTGGCGG
EST: TGTTGCGCAGGGACTTAA AGTTGGTCTTGTTGAAGTTCTTCTTGGTCTTCTTGATTGGAGGGCTGGCGG
genomic: TGTTGCGCAGGGACTTAAgtgagtagct ... aacaatgcagAGTTGGTCTTGTTGAAGTTCTTCTTGGTCTTCTTGATTGGAGGGCTGGCGG
gtttatgtgagtataattattctcatttctaaaataaattttgcaaacaatgcagAGTTGGTCTTGTTGAAGTTCTTCTTGGTCTTCTTGATTGGAGGGCTGGCGGAAGGAATGGCTTTTGTTCTCAGATGAAGTGGAATGAATCTGAAGCGTCT
ttctaaa putative branch site (score: 2)
tataattattctcatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ataatttgctttgaaacagctgcatgcttgaagactgtcttgtatgtttatgtgagtataattattctcatttctaaaataaattttgcaaacaatgcagAGTTGGTCTTGTTGAAGTTCTTCTTGGTCTTCTTGATTGGAGGGCTGGCGGAAGGAATGGCTTTTGTTCTCAGATGAAGTGGAATGAATCTGAAGCGTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - tgctttg
- - - - - - - - - - -gcatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttgca