Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagtcttacctttggtttttctatgatagattaaaatacataaatagtaatgcttgttccttatgcacatatatgaatgtattacagGATGCAGCTGCATGGCTAGAATACTTTGAATCAAAGGCTCTGGAGCAACAGGAGGCTGCACGGAATGGTACACCTAAGCCGGATGCCTCAATCTCCAGCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G24430.1
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G24430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 20
lower sequence: GRMZM2G318635_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 20
----------------------gtagtcttacctttggtttttctatgatagattaaaatacataaatagtaatgcttgtt-ccttatgcacatata-tgaatgtatt----acagGATGCAGCTGCATGGCTAGAATACTTTGAATCAAAGGCTCTGGAGCAACAGGAGGCTGCACGGAATGGTACACCTAAGCCGGATGCCTCAATCTCCAGCA
                      ||  | |    ||    ||  | |  | |  || |  || || |       | |||||| |   | | | || || |     ||||    |||||||||  |||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||  | ||||
gtaagctgaaaaggctggcttggttatgtgtaattccacttagccacca-attttcagttaaatgatctacctttcttgttgcaccaaggaaatctaatagccatattttccacagGATGCTTCTGCTTGGCTGGAATACTTTGAATCCAAGGCACTAGAGCAGCAGGAAGCAGCACGAAATGGTACTCCAAAGCCTGATGCTTCAATAGCAAGCA

upper sequence: GLYMA04G24430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 20
lower sequence: Vv11s0037g00850.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gtagtcttacctttggtttttctatgatagattaaaatacataaatagtaatgcttgttccttatgcacatatatgaatgtattacagGATGCAGCTGCATGGCTAGAATACTTTGAATCAAAGGCTCTGGAGCAACAGGAGGCTGCACGGAATGGTACACCTAAGCCGGATGCCTCAATCTCCAGCA
||| | | |  |||| | |||   |  | |           ||  | || ||||||||  ||||     || |||| |  | ||  ||||||| || |||||||| || ||||| || || |||||||||||||| || || ||||| || ||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||
gtaatatcatgtttgatatttgattattggccctcctattctatgtggttatgcttgtctcttag----atttatgtaaattttgtagGATGCGGCAGCATGGCTTGAGTACTTCGAGTCCAAGGCTCTGGAGCAGCAAGAAGCTGCCCGCAATGGCACTCCAAAGCCAGATGCCTCTATCTCCAGCA

upper sequence: GLYMA04G24430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 20
lower sequence: PP1S363_15V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 16
----------gtagtcttacctttggtttttctatgatagattaaaa--tacataaatagtaatgctt-gttccttatgcacatatatgaatgtattacagGATGCAGCTGCATGGCTAGAATACTTTGAATCAAAGGCTCTGGAGCAACAGGAGGCTGCACGGAATGGTACACCTAAGCCGGATGCCTCAATCTCCAGCA
          |    |     |    | |  | | |  ||  || |    |||||  |  | ||  || |||  |   |    | | |     |||| ||||||||||| || ||||| || |||||||| || || ||||||||||||||||| | ||| ||||  || || || || || || || |||||  ||||||
gtttaactgcgcgtgccatgatggaatgtcacgacggcagtctacatgtcacatattttttgatattttgttaatctagtgtgtttttcggactatt-cagGATGCAGCCGCCTGGCTGGAGTACTTTGATTCTAAAGCTCTGGAGCAACAGGAAGTTGCTCGGATGGGAACGCCAAAACCTGACGCTTCAATTGCCAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaatacataaatagtaatgcttgttccttatgcacatatatgaatgtattacagGATGCAGCTGCATGGCTAGAATACTTTGAATCAAAGGCTCTGGAGCAACAGGAGGCTGCACGGAATGGTACACCTAAGCCGGATGCCTCAATCTCCAGCA
                                    atatatgaatgtatta  TA-rich tract