Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttaatattttgactgaggacttcttgcttaaggtttcttatttactctcctatgttgcttttagagaatctagagtaagcattgtccatctttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCAGAGTCTAAAAAAGAGTTAGATGCTCTGCTCTCTGATGAGTCTTTGACTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38360.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G38360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g23620.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
ttaatattttgactgaggacttcttgcttaaggtttctta----tttactctcctatgttgcttttagagaatctagagtaagcattgtccatc--tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCAGAGTCTAAAAAAGAGTTAGATGCTCTGCTCTCTGATGAGTCTTTGACTA
       |||||||  |  ||| ||  |      || |||    |||   | | | || | |        | ||| |  | |   ||  |       | ||  ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||| | ||||| || || |||||||| || ||| |  
------ctttgactctgtccttattcttctgatattattaagcttttttccccatctgctaccaccttgtattcttgcttgacttttccctgctgtctcaaaacagGTTGATGCTGTGGTATATTTGGTAGATGCTTATGATAAGGAACGTTTTGCTGAGTCAAAAAAGGAGCTTGATGCACTCCTATCTGATGATTCATTGGCAG

upper sequence: GLYMA20G38360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G038356_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
---ttaatattttgactgaggacttcttgcttaaggtttcttatttactctcctatgttgcttttagagaatctagagtaagcattgtccatctttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCAGAGTCTAAAAAAGAGTTAGATGCTCTGCTCTCTGATGAGTCTTTGACTA
   |   |||     || |  | || |    |     | ||| | | |  ||  |||  ||||||   |  |      |     || | ||| ||  |  ||||| ||||| || || ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| || || || |||||| | |||||||| || |||||||| |||||| | |
agctcgctata--agctaataatttttcttatgcctctgcttctattccatcagatgcagcttttcatgtctgcctgatttttctttttcatattgca-acagGTTGATGCTGTAGTATACCTGGTAGATGCATATGATAAGGAGCGATTTGCTGAATCAAAGAAAGAGCTCGATGCTCTCCTGTCTGATGATTCTTTGGCCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298184483|gb|HO029696.1|HO029696
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|151395352|gb|EV265223.1|EV265223
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|151404323|gb|EV274133.1|EV274133
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTACA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|38193512|gb|CF922718.1|CF922718
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|298172634|gb|HO019674.1|HO019674
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|213594908|gb|DB971781.1|DB971781
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         CTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAAC
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAAC
EST: gi|192312909|gb|FK004051.1|FK004051
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|192312908|gb|FK004050.1|FK004050
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|298181703|gb|HO025878.1|HO025878
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACGAGGAACGATTTGCA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|214005720|gb|DB988673.1|DB988673
EST:     C-GGGGTTATTCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         CTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
genomic: CGGGGGTCA-CCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|298198297|gb|HO039836.1|HO039836
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|151401289|gb|EV271103.1|EV271103
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|192306734|gb|FG998874.1|FG998874
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|151403505|gb|EV273315.1|EV273315
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
EST: gi|192306733|gb|FG998873.1|FG998873
EST:     TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAG                         GTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA
genomic: TCGGGGGTCACCAGATTGCACGAAGAGTCTGGAAAGATTACTATGCTAAGgtctttctct ... tttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctcctatgttgcttttagagaatctagagtaagcattgtccatctttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCAGAGTCTAAAAAAGAGTTAGATGCTCTGCTCTCTGATGAGTCTTTGACTA
                                            ctttaat  putative branch site (score: 4)
                                       tccatcttt  CT-rich tract
                                          atctttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttaatattttgactgaggacttcttgcttaaggtttcttatttactctcctatgttgcttttagagaatctagagtaagcattgtccatctttaatgcagGTAGATGCAGTGGTCTACTTGGTAGATGCATATGACAAGGAACGATTTGCAGAGTCTAAAAAAGAGTTAGATGCTCTGCTCTCTGATGAGTCTTTGACTA

- - - - ttgactg
- - - - - - - - - - ttcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgct