1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtatgcaatgttattcagttccttctttcatttggtactacagctgctaagactgttctaacttaagttttcttcaaaaagtgatttttattatcaattcattataaagtttggatcttcattttctcacatgattttgacaaacccgtttttatcagGAATTCAATGCGGGCCTGTTTGATTATCTAATTGCAACAGATCTTAGCCAGTCAAAGGAAAAGGATGAAGTGCCTAAGGAAAGTAATGTTGGATCATGGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G37930.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGTTTTAAATCCTGAGTTGCCTCAGAATTCTCGCCTCCATATTCTTGAG GAATTCAATGCGGGCCTGTTTGATTATCTAATTGCAACAGATCTTAGCCAGEST: gi|192332835|gb|FK026836.1|FK026836
genomic: CTGTTTTAAATCCTGAGTTGCCTCAGAATTCTCGCCTCCATATTCTTGAGgtatgcaatg ... tttttatcagGAATTCAATGCGGGCCTGTTTGATTATCTAATTGCAACAGATCTTAGCCAG
EST: CTGTTTTAAATCCTGAGTTGCCTCAGAATTCTCGCCTCCATATTCTTGAG GAATTCAATGCGGGCCTGTTTGATTATCTAATTGCAACAGATCTTAGCCAGEST: gi|8404288|gb|BE059922.1|BE059922
genomic: CTGTTTTAAATCCTGAGTTGCCTCAGAATTCTCGCCTCCATATTCTTGAGgtatgcaatg ... tttttatcagGAATTCAATGCGGGCCTGTTTGATTATCTAATTGCAACAGATCTTAGCCAG
EST: CTGTTTTAAATCCTGAGTTGCCTCAGAATTCTCGCCTCCATATTCTTGAG GAATTCAATGCGGGCCTGTTTGATTATCTAATTGCAACAGATCTTAGCCAG
genomic: CTGTTTTAAATCCTGAGTTGCCTCAGAATTCTCGCCTCCATATTCTTGAGgtatgcaatg ... tttttatcagGAATTCAATGCGGGCCTGTTTGATTATCTAATTGCAACAGATCTTAGCCAG
ataaagtttggatcttcattttctcacatgattttgacaaacccgtttttatcagGAATTCAATGCGGGCCTGTTTGATTATCTAATTGCAACAGATCTTAGCCAGTCAAAGGAAAAGGATGAAGTGCCTAAGGAAAGTAATGTTGGATCATGGA
cccgttttt CT-rich tract
tttttatca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgcaatgttattcagttccttctttcatttggtactacagctgctaagactgttctaacttaagttttcttcaaaaagtgatttttattatcaattcattataaagtttggatcttcattttctcacatgattttgacaaacccgtttttatcagGAATTCAATGCGGGCCTGTTTGATTATCTAATTGCAACAGATCTTAGCCAGTCAAAGGAAAAGGATGAAGTGCCTAAGGAAAGTAATGTTGGATCATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA