Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattgtttttttgttttactccgattggttttcttttcgtgtttagagaatatggggagagatctgttttttattttttattgtatttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGTGTTGTTGCGAGTGTGCGCCAGTGGCAGGACAAACTTTCGTTGTGGACAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G21510.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G21510.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT5G35620.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaattgtttttttgttttactccgattggttttcttttcgtgtttagagaatatggggagagatctgttttttattttttattgtatttctca------atagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGTGTTGTTGCGAGTGTGCGCC---AGT---GGCAGGACAAACTTTCGTTGTGGACAA
||| |   || |     | || |  |    ||    ||  ||||||      | |  |  || || || ||||  |   |  || ||||||| |       ||| |||||||||||||||| ||||||||||| || || || || || |||||||| ||||| ||||| || |   |||    ||| ||||| || || ||||      
gtattacattctaaccctaaccctaaccttttactcttctgtgttt------tgttagatgatatgtggttttggtgactggttctatttcttatgatatgtagTTGATGGCTTTGATTGGAGAGCAATTTGATGAAGCAGATGAGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTCCGTCCACAGTCGAAGCAAGACAAGCTCTCCTTGT------

upper sequence: GLYMA20G21510.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0049g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
----------------gta-attgtttttttgtttta-------ctccgattggttttcttttcgtgtttagagaatatggggagagatctgttttttattttttattgtatttc--tcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGTGTTGTTGCGAGTGTGCGCCAGTGGCAGGACAAACTTTCGTTGTGGACAA
                | | || ||||| | | | |         |  |   |   |    |    ||| |    | |   | | | ||| |    ||  |  ||  ||| |||   |   ||| ||||||| || ||||||||||||||||| || || || || ||||||||||| ||||| ||||| || ||  ||||||| || ||| |  ||||||| |
gtaaaatgtgaactttgcatatagttttctggatctgacaatatttttgggagacatgagctgttggttcattttagagttgaacatatcagcaagttgataattgatgtgttttattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGTGTGGTTGCAAGTGTACGTCAAAGGCAGGATAAGCTTGCTCTGTGGACTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10709400|gb|BF009124.1|BF009124
EST:     AGCAAACAGCGGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: AGC-AACAGC-GGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298192521|gb|HO036603.1|HO036603
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|192325421|gb|FK018377.1|FK018377
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|14999254|gb|BI320281.1|BI320281
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|209724913|gb|BW669602.1|BW669602
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|254320358|gb|GR831166.1|GR831166
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|13791212|gb|BG653803.1|BG653803
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298197400|gb|HO044879.1|HO044879
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298176097|gb|HO015502.1|HO015502
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298177677|gb|HO023696.1|HO023696
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|192310625|gb|FG999592.1|FG999592
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|120532041|gb|EH260174.1|EH260174
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|209700394|gb|BW664407.1|BW664407
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|192310624|gb|FG999591.1|FG999591
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|7692491|gb|AW760596.1|AW760596
EST:     ACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: ACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|7685617|gb|AW756265.1|AW756265
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTNTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|120533215|gb|EH261348.1|EH261348
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|298177406|gb|HO027187.1|HO027187
EST:     CCATCAACAGCGGGGGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
EST: gi|23733803|gb|BU765115.1|BU765115
EST:     CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACT                         ATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT
genomic: CCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaattgttt ... ttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttagagaatatggggagagatctgttttttattttttattgtatttctcaatagATGATGGCTTTGATTGGGGAGCAATTTGAGGATGCCGAGGACATATGTGGTGTTGTTGCGAGTGTGCGCCAGTGGCAGGACAAACTTTCGTTGTGGACAA
                                          tatttctc  CT-rich tract
                    atctgttttttatttt  TA-rich tract