Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgttcaattgtcaattgtgtattgttttatgtgttattgcatctggttccgattctgctgtttattgcagttaatactttgttgttgcaatttgtacaacctgctatgactgtttttgaatctcagTTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAGTATATGGATCCTAAAGAGCCAATCTATATTTACATAAATTCCACTGGGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G42180.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G42180.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv14s0060g02160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtaagtgttcaattgtcaattgtgtattgttttatgtgttattgcatctggttccgattctgctgtttattgcagttaatactttgttgttgcaatttgtacaacctgctatgactgtttttgaatctcagTTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAGTATATGGATCCTAAAGAGCCAATCTATATTTACATAAATTCCACTGGGA
                             |||| ||  || ||     |  |    ||   | |  |  ||    ||| ||| |||    | |||| |||       | ||  ||  |||     | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||  |||||||| ||||| ||| | ||| |||| || ||||  ||||| |
-----------------------------ttttttgatttttttatgttattatttatatggttagtagttcacattactaccttgaccatacaatatgtctgggaagtta--accatttgattctatcagTTGGTGCCAGCTGTCACAGAGCTTGTCATTGCAGAATTAATGTACCTGCAGTGGATGGATCCCAAAGAACCAGTATATGTTTATATTAATTGTACTGGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5760326|gb|AI965753.1|AI965753
EST:     ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCT                         TTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
genomic: ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCTgtaagtgttc ... tgaatctcagTTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
EST: gi|213591486|gb|DB973863.1|DB973863
EST:     ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCT                         TTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
genomic: ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCTgtaagtgttc ... tgaatctcagTTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
EST: gi|254314926|gb|GR829919.1|GR829919
EST:     ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCT                         TTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
genomic: ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCTgtaagtgttc ... tgaatctcagTTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
EST: gi|213610542|gb|DB960595.1|DB960595
EST:     ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCT                         TTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
genomic: ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCTgtaagtgttc ... tgaatctcagTTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
EST: gi|209705709|gb|BW653123.1|BW653123
EST:     ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCT                         TTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
genomic: ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCTgtaagtgttc ... tgaatctcagTTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
EST: gi|213597711|gb|DB962165.1|DB962165
EST:     ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCT                         TTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
genomic: ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCTgtaagtgttc ... tgaatctcagTTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
EST: gi|213619505|gb|DB967751.1|DB967751
EST:     ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCT                         TTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
genomic: ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCTgtaagtgttc ... tgaatctcagTTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
EST: gi|213614567|gb|DB972835.1|DB972835
EST:     ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCT                         TTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG
genomic: ACCTGCCTTCGCTGCTTCTCCATGGTAGAATTGTTTACATTGGCATGCCTgtaagtgttc ... tgaatctcagTTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatactttgttgttgcaatttgtacaacctgctatgactgtttttgaatctcagTTGGTGCCAGCTGTCACGGAGCTTGTCGTTGCAGAATTGATGTACTTGCAGTATATGGATCCTAAAGAGCCAATCTATATTTACATAAATTCCACTGGGA
 agttaat  putative branch site (score: 4)
                                      ctgttttt  putative PPT
                                         tttttgaat  TA-rich tract