Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtcacacactgttaattctcaatacaatatcgtttttttttgtgggataattttttgttgtttgattttttaagtttgagacattgttgcttacggcttgccttatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATTATTGTTACTACCATTGGGGGTAGAAATGGTCAACCGAAGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G41420.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G41420.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv14s0060g00600.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtatgtcacacactg--ttaattctcaatacaatatcgtttttttttgtgggataattttttgttgtttgatttttta--agtttgagacattg-ttgcttacggcttgcctt-atcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATTATTGTTACTACCATTGGGGGTAGAAATGGTCAACCGAAGCAG
|||||| |   ||||   |||| ||   |      |||| ||  | |      |  |||        || |||  |||    |      ||||| || || | | |    ||| ||  |  |||| |||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||
gtatgtgagggactggtctaatgcttc-tgtttcttcgtgttactgttccttgtcttttgcctgcacttaattgattattgatcatttgcattggttactgaagacagttcttgatttttcagGAGATGGAAGCAACAGTTGTTGACGGTAATGGAACAGAGACAGGTCATATAATTGTGACGACTATTGGTGGTAGAAATGGCCAACCAAAGCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213616919|gb|DB959231.1|DB959231
EST:     TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA                         GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: gi|208110039|gb|GD904509.1|GD904509
EST:     TTGATAGGCTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA                         GAAATGGAAGCCACCGTT
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTT
EST: gi|254328746|gb|GR833118.1|GR833118
EST:     TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA                         GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: gi|27809424|gb|CB063846.1|CB063846
EST:     TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA                         GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: gi|209725616|gb|BW663105.1|BW663105
EST:     TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA                         GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: gi|6913877|gb|AW395407.1|AW395407
EST:     TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA                         GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: gi|213591319|gb|DB973808.1|DB973808
EST:     TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA                         GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: gi|298165875|gb|HO008846.1|HO008846
EST:     TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA                         GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: gi|208285521|gb|GE082457.1|GE082457
EST:     TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA                         GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtttgattttttaagtttgagacattgttgcttacggcttgccttatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATTATTGTTACTACCATTGGGGGTAGAAATGGTCAACCGAAGCAG
                             tgcttac  putative branch site (score: 2)
                                      cttgcctt  putative PPT
      attttttaagtttga  TA-rich tract