1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...atatgcaaagaaacttaattagattttaagggaaattaatcattagtgtgaagaattagaaagtgatgtgattgaagtttgttgtgttggattgatgcagTTGGTAAATCATTGCATCTCGGAGGATGTTGTGAGGAGCATGATAGATGTGAGTGGGAGGTTCTTCGATCTCCCTTTGGAGGAGAGAGCTAAGTACATGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G37210.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGTCCTTCGATCCCTAGCCAATGCTTGTCAACAGTATGGATTTTTCCAG TTGGTAAATCATTGCATCTCGGAGGATGTTGTGAGGAGCATGATAGATGTGEST: gi|151408675|gb|EV278483.1|EV278483
genomic: AAGTCCTTCGATCCCTAGCCAATGCTTGTCAACAGTATGGATTTTTCCAGgtaagacttt ... attgatgcagTTGGTAAATCATTGCATCTCGGAGGATGTTGTGAGGAGCATGATAGATGTG
EST: AAGTCCTTCGATCCCTAGCCAATGCTTGTCAACAGTATGGATTTTTCCAG TTGGTAAATCATTGCATCTCGGAGGATGTTGTGAGGAGCATGATAGATGTG
genomic: AAGTCCTTCGATCCCTAGCCAATGCTTGTCAACAGTATGGATTTTTCCAGgtaagacttt ... attgatgcagTTGGTAAATCATTGCATCTCGGAGGATGTTGTGAGGAGCATGATAGATGTG
gtgtgaagaattagaaagtgatgtgattgaagtttgttgtgttggattgatgcagTTGGTAAATCATTGCATCTCGGAGGATGTTGTGAGGAGCATGATAGATGTGAGTGGGAGGTTCTTCGATCTCCCTTTGGAGGAGAGAGCTAAGTACATGA
gattgat putative branch site (score: 4)
aattagaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atatgcaaagaaacttaattagattttaagggaaattaatcattagtgtgaagaattagaaagtgatgtgattgaagtttgttgtgttggattgatgcagTTGGTAAATCATTGCATCTCGGAGGATGTTGTGAGGAGCATGATAGATGTGAGTGGGAGGTTCTTCGATCTCCCTTTGGAGGAGAGAGCTAAGTACATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - aaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - -gaaattaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tagtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgttgg