1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ggggataagaaaaaaggagtatagaacattgtgatttgtgagattgcttcatgctatggtagcttgagtttaacaatttgatatatttcattttggacagCCTAGTGAGCAGAACACTTATGCAGATATAGAAGCTGTTTATAAATGCCTGCTGGAGAAGTATGGGGCAAAAGAGGAAGATATTGTTTTATATGGGCAAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G04900.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTATGACTATTCTGGATATGGGCAGTCGTCTGGAAAG CCTAGTGAGCAGAACACTTATGCAGATATAGAAGCTGTTTATAAATGCCTGEST: gi|213613495|gb|DB963239.1|DB963239
genomic: TTATGACTATTCTGGATATGGGCAGTCGTCTGGAAAGgtaagcatat ... ttttggacagCCTAGTGAGCAGAACACTTATGCAGATATAGAAGCTGTTTATAAATGCCTG
EST: TTATGACTATTCTGGATATGGGCAGTCGTCTGGAAAG CCTAGTGAGCAGAACACTTATGCAGATATAGAAGCTGTTTATAAATGCCTG
genomic: TTATGACTATTCTGGATATGGGCAGTCGTCTGGAAAGgtaagcatat ... ttttggacagCCTAGTGAGCAGAACACTTATGCAGATATAGAAGCTGTTTATAAATGCCTG
gcttcatgctatggtagcttgagtttaacaatttgatatatttcattttggacagCCTAGTGAGCAGAACACTTATGCAGATATAGAAGCTGTTTATAAATGCCTGCTGGAGAAGTATGGGGCAAAAGAGGAAGATATTGTTTTATATGGGCAAT
tttcatttt CT-rich tract
agtttaacaatttgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggggataagaaaaaaggagtatagaacattgtgatttgtgagattgcttcatgctatggtagcttgagtttaacaatttgatatatttcattttggacagCCTAGTGAGCAGAACACTTATGCAGATATAGAAGCTGTTTATAAATGCCTGCTGGAGAAGTATGGGGCAAAAGAGGAAGATATTGTTTTATATGGGCAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - aagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - -tgatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttgag