1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tgaatttatttaaattagtgtctatacccctacagagtgactttagcttaatgctgtatttttagttatttagatatctaagaaacaattgaatggtacaGGCTGTTGTTACAATGAACAACTTCCTAGCATTTCGTCACATCCCTTCACCTGGCTGGTCAATGAGATGGACATGGGCCAAAAAGGAGGTAATATGGAAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G50750.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATATAACAATCAAATGGGATGTTATATCCTGGACCCCTGATGGATATGT AGCTGTTGTTACAATGAACAACTTCCTAGCATTTCGTCACATCCCTTCACCEST: gi|16996760|gb|BM086132.1|BM086132
genomic: AATATAACAATCAAATGGGATGTTATATCCTGGACCCCTGATGGATATGTagtaagtata ... gaatggtacaGGCTGTTGTTACAATGAACAACTTCCTAGCATTTCGTCACATCCCTTCACC
EST: AATATAACAATCAAATGGGATGTTATATCCTGGACCCCTGATGGATATGT AGCTGTTGTTACAATGAACAACTTCCTAGCATTTCGTCACATCCCTTCACC
genomic: AATATAACAATCAAATGGGATGTTATATCCTGGACCCCTGATGGATATGTagtaagtata ... gaatggtacaGGCTGTTGTTACAATGAACAACTTCCTAGCATTTCGTCACATCCCTTCACC
gcttaatgctgtatttttagttatttagatatctaagaaacaattgaatggtacaGGCTGTTGTTACAATGAACAACTTCCTAGCATTTCGTCACATCCCTTCACCTGGCTGGTCAATGAGATGGACATGGGCCAAAAAGGAGGTAATATGGAAC
gcttaat putative branch site (score: 4)
tatttttagttattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgaatttatttaaattagtgtctatacccctacagagtgactttagcttaatgctgtatttttagttatttagatatctaagaaacaattgaatggtacaGGCTGTTGTTACAATGAACAACTTCCTAGCATTTCGTCACATCCCTTCACCTGGCTGGTCAATGAGATGGACATGGGCCAAAAAGGAGGTAATATGGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - -gtgtcta
- - - - - - - - - - - - - cccctac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgactt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaaaca