1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...attggtatagcacaaagtttgctcattttgtttgtatctaacatctcacatgtagaggataaattgtgaccatagttattgcatgccaaactatttgcagAATGATACAACATATTTTGGAGCTACTGTTGGCCGGGTTGCTAACAGAATTGGAGGAGCTCAGTTTACTCTGAATGGAATCTATTACAAATTAGTTGCTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G49210.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAAGTTGGGTGATGTTGTTCTTGGATATGATTCTGTTAAGGATTACAGT AATGATACAACATATTTTGGAGCTACTGTTGGCCGGGTTGCTAACAGAATTEST: gi|209722549|gb|BW682647.1|BW682647
genomic: GAAAGTTGGGTGATGTTGTTCTTGGATATGATTCTGTTAAGGATTACAGTgtgagtctac ... ctatttgcagAATGATACAACATATTTTGGAGCTACTGTTGGCCGGGTTGCTAACAGAATT
EST: GAAAGTTGGGTGATGTTGTTCTTGGATATGATTCTGTTAAGGATTACAGT AATGATACAACATATTTTGGAGCTACTGTT
genomic: GAAAGTTGGGTGATGTTGTTCTTGGATATGATTCTGTTAAGGATTACAGTgtgagtctac ... ctatttgcagAATGATACAACATATTTTGGAGCTACTGTT
tcacatgtagaggataaattgtgaccatagttattgcatgccaaactatttgcagAATGATACAACATATTTTGGAGCTACTGTTGGCCGGGTTGCTAACAGAATTGGAGGAGCTCAGTTTACTCTGAATGGAATCTATTACAAATTAGTTGCTA
atctcac putative branch site (score: 3)
ataaattgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attggtatagcacaaagtttgctcattttgtttgtatctaacatctcacatgtagaggataaattgtgaccatagttattgcatgccaaactatttgcagAATGATACAACATATTTTGGAGCTACTGTTGGCCGGGTTGCTAACAGAATTGGAGGAGCTCAGTTTACTCTGAATGGAATCTATTACAAATTAGTTGCTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - -gcacaaa
- - - - - - - - - - - - - - tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctcacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgcca