1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tacaacccaacttagatttgttgttaaagctgattatagatgattgatttatatacttttgtttttgatgttttgagtggttaattcaattgtggccaggTGAATTGATGTCTGGTTCAGCTGGGATGGGATTCACTCCTCATATAATCAATATTGCAAGTGGAGAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G46540.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCGGGACTGGGAAGAAACAGCAATTGGCTTCTCTTGG TGAATTGATGTCTGGTTCAGCTGGGATGGGATTCACTCCTCATATAATCAAEST: gi|7042138|gb|AW472032.1|AW472032
genomic: CCGGGACTGGGAAGAAACAGCAATTGGCTTCTCTTGGtaaatctcta ... tgtggccaggTGAATTGATGTCTGGTTCAGCTGGGATGGGATTCACTCCTCATATAATCAA
EST: ATAGGGCGCCCACCCGGGACTGGGAAGAAACAGCAATTGGCTTCTCTTGG TGAATTGATGTCTGGTTCAGCTGGGATGGGATTCACTCCTCATATAATCAAEST: gi|193699766|gb|FK641649.1|FK641649
genomic: AGAGGGCGCCCACCCGGGACTGGGAAGAAACAGCAATTGGCTTCTCTTGGtaaatctcta ... tgtggccaggTGAATTGATGTCTGGTTCAGCTGGGATGGGATTCACTCCTCATATAATCAA
EST: CGGGACTGGGAAGAAACAGCAATTGGCTTCTCTTGG TGAATTGATGTCTGGTTCAGCTGGGATGGGATTCACTCCTCATATAATCAA
genomic: CGGGACTGGGAAGAAACAGCAATTGGCTTCTCTTGGtaaatctcta ... tgtggccaggTGAATTGATGTCTGGTTCAGCTGGGATGGGATTCACTCCTCATATAATCAA
gatttatatacttttgtttttgatgttttgagtggttaattcaattgtggccaggTGAATTGATGTCTGGTTCAGCTGGGATGGGATTCACTCCTCATATAATCAATATTGCAAGTGGAGAAG
ggttaat putative branch site (score: 4)
atatacttttgttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tacaacccaacttagatttgttgttaaagctgattatagatgattgatttatatacttttgtttttgatgttttgagtggttaattcaattgtggccaggTGAATTGATGTCTGGTTCAGCTGGGATGGGATTCACTCCTCATATAATCAATATTGCAAGTGGAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
-acaaccc
- - - - - - - - - tgttgtt
- - - - - - - - - - - - - - gctgatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agtggtt