Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

tatttttcttgcttaaggggttcataagaaaaaaatactttaaaattgtagattttgttgtttgaccattaattatactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACATGGCGATGTGGTGGTCTTTCGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G42910.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G42910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv08s0007g02180.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
tatttttcttgcttaaggg---gttcataagaaaaaaatactttaaaattgtagattttgttgtt-tgaccattaattatactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACATGGCGATGTGGTGGTCTTTCGG
    |  | |  ||||| |   | | | |  |        ||      || || | ||  |||   ||| ||||  || |  ||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||   || ||||||||||| ||||| |||||| | |  || || 
---gtaacatagttaagagaaagcttaaacaagttctgccctcctgtgttttaaaattaattgcaatgatcattcttttttatgcagATGATTATGTCTTGTTGGAGAAATTTTGCCTTGAAAAGTACAAGTTTTCTCATGGTGATGTGATAGCATTCCG-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208251345|gb|GE050552.1|GE050552
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|193626486|gb|FK574390.1|FK574390
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTG-                         --ACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|193330737|gb|FK296229.1|FK296229
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|207841128|gb|GD810621.1|GD810621
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         AGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|208209163|gb|GE003545.1|GE003545
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|193541412|gb|FK495258.1|FK495258
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|193545806|gb|FK501289.1|FK501289
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTG-                         --ACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|193389152|gb|FK356305.1|FK356305
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCT
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCT
EST: gi|208275350|gb|GE075618.1|GE075618
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|192297913|gb|FG988369.1|FG988369
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|207813993|gb|GD785886.1|GD785886
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCGTATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|208127051|gb|GD922627.1|GD922627
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTTG                         A
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcaga-
EST: gi|208127051|gb|GD922627.1|GD922627
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTTG                         A
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcaga-
EST: gi|193405373|gb|FK371350.1|FK371350
EST:     AGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: AGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|151410357|gb|EV280172.1|EV280172
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|208222954|gb|GE021287.1|GE021287
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTCTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|207845059|gb|GD815342.1|GD815342
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         AGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|193334574|gb|FK298896.1|FK298896
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|193395028|gb|FK360447.1|FK360447
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|207709989|gb|GD690673.1|GD690673
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|193679255|gb|FK619269.1|FK619269
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAAT
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAAT
EST: gi|193605468|gb|FK558196.1|FK558196
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
EST: gi|208191368|gb|GD987830.1|GD987830
EST:     TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGA                         TGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA
genomic: TCTCCCACATTTAATCCTAAAGCTGGTTCTCATATGGGAGATGTTTTTGGtatttttctt ... atactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaaaatactttaaaattgtagattttgttgtttgaccattaattatactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACATGGCGATGTGGTGGTCTTTCGG
                                     cattaat  putative branch site (score: 3)
     atactttaaaattgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatttttcttgcttaaggggttcataagaaaaaaatactttaaaattgtagattttgttgtttgaccattaattatactgcagaTGACTATGTTTTGGTTGAGAAATTTTGCCTTAGGAATTACAAGTTTTCACATGGCGATGTGGTGGTCTTTCGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG