Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|6482102|gb|AW201373.1|AW201373EST: CCAGCAGCAAGTGCAGCCAAAGATGAAGGTGCCACAAGGTTCACCTAAAG TGCTGCTGAACCAGTTTCCTGTAGCAAGGACTGTGCAGCAAATGATGGATA
genomic: CCAGCAGCAAGTGCAGCCAAAGATGAAGGTGCCACAAGGTTCACCTAAAGgtaattgaac ... ctttatacagTGCTGCTGAACCAGTTTCCTGTAGCAAGGACTGTGCAGCAAATGATGGATA
EST:
gi|7233523|gb|AW568868.1|AW568868EST: CCAGCAGCAAGTGCAGCCAAAGATGAAGGTGCCACAAGGTTCACCTAAAG TGCTGCTGAACCAGTTTCCTGTAGCAAGGACTGTGCAGCAAATGATGGATA
genomic: CCAGCAGCAAGTGCAGCCAAAGATGAAGGTGCCACAAGGTTCACCTAAAGgtaattgaac ... ctttatacagTGCTGCTGAACCAGTTTCCTGTAGCAAGGACTGTGCAGCAAATGATGGATA
EST:
gi|7233526|gb|AW568871.1|AW568871EST: CCAGCAGCAAGTGCAGCCAAAGATGAAGGTGCCACAAGGTTCACCTAAAG TGCTGCTGAACCAGTTTCCTGTAGCAAGGACTGTGCAGCAAATGATGGATA
genomic: CCAGCAGCAAGTGCAGCCAAAGATGAAGGTGCCACAAGGTTCACCTAAAGgtaattgaac ... ctttatacagTGCTGCTGAACCAGTTTCCTGTAGCAAGGACTGTGCAGCAAATGATGGATA
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tcagacattgaatatagtgacactgacagctgacaaataatgattctttatacagTGCTGCTGAACCAGTTTCCTGTAGCAAGGACTGTGCAGCAAATGATGGATACAATGGAGAGGATGGGGGAGGATCTCTTGGTTTATGGTAGAACTTCACC
ttctttat CT-rich tract
aaataatgattcttta TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtaattgaacattactggttcatatattctttttattccttcctcagacattgaatatagtgacactgacagctgacaaataatgattctttatacagTGCTGCTGAACCAGTTTCCTGTAGCAAGGACTGTGCAGCAAATGATGGATACAATGGAGAGGATGGGGGAGGATCTCTTGGTTTATGGTAGAACTTCACC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT