Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tattgatatatcataacaatgttcattattcagtcatattttcttggaaaggtattgacgtactattaatttcttaattacttgtattgtatgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAGACTGAGGCAGCAGTTGGTGTTGGCACGGTTGGCTCATCAGAGGCCATTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G04940.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G04940.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv04s0079g00600.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
----tattgatatatcataacaatgttcattattcagtcatattttcttggaaaggtattgacgtactattaatttcttaattacttgtattgtatgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAGACTGAGGCAGCAGTTGGTGTTGGCACGGTTGGCTCATCAGAGGCCATTA
    |||| | |  ||     |||| | |   |  | |  |  |   ||   |||  ||| | |   |||    |  ||   || |  ||| || || || |||||||| || || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||| || || || || || |||||||| || |
gtattattaacaactctggtaaatgattaagttataattctcatgaattaacaaga-attaatgaggtatgg--tggttgtatattcatat-gtgtggatacagAATCGCTGCGTAAACATGATAGCACATCTATTTAATGCACCACTTGGAGAGTCGGAGGCAGCAGTTGGTGTGGGAACAGTGGGATCTTCAGAGGCAATAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213595762|gb|DB966205.1|DB966205
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|9899411|gb|BE608379.1|BE608379
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|209699991|gb|BW652592.1|BW652592
EST:     ATAAAAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAA
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAA
EST: gi|213606562|gb|DB959016.1|DB959016
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|213588693|gb|DB957578.1|DB957578
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|7588995|gb|AW704779.1|AW704779
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|209722811|gb|BW682884.1|BW682884
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|7588868|gb|AW704654.1|AW704654
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|6069700|gb|AW099324.1|AW099324
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|213599238|gb|DB960006.1|DB960006
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|17401778|gb|BM178560.1|BM178560
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|209703624|gb|BW656580.1|BW656580
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|9259742|gb|BE347889.1|BE347889
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|213614307|gb|DB956835.1|DB956835
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGGGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|209727302|gb|BW663221.1|BW663221
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|209728381|gb|BW652038.1|BW652038
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|15203394|gb|BI426162.1|BI426162
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|213597758|gb|DB960315.1|DB960315
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|209702090|gb|BW652330.1|BW652330
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|209716269|gb|BW657572.1|BW657572
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|209704261|gb|BW683489.1|BW683489
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCT-TCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|5058355|gb|AI736831.1|AI736831
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|9439731|gb|BE440245.1|BE440245
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|23732463|gb|BU764391.1|BU764391
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|213589811|gb|DB959422.1|DB959422
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
EST: gi|9820626|gb|BE556136.1|BE556136
EST:     ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAG                         AATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG
genomic: ATAAGAACTATGTTGACATGGACGAGTACCCTGTCACCACTGAGCTACAGgtaactaacc ... atgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggaaaggtattgacgtactattaatttcttaattacttgtattgtatgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAGACTGAGGCAGCAGTTGGTGTTGGCACGGTTGGCTCATCAGAGGCCATTA
                  tattaatttcttaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tattgatatatcataacaatgttcattattcagtcatattttcttggaaaggtattgacgtactattaatttcttaattacttgtattgtatgcatgcagAATCGATGTGTTAACATGATAGCTCATCTTTTCAATGCACCACTAGAAGAGACTGAGGCAGCAGTTGGTGTTGGCACGGTTGGCTCATCAGAGGCCATTA

- - - - - - - - caatgtt