Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ggtatgagtaggaaattttttccttttcttgtatgtctcttttaattgaatatctctgatctaattgaacatgggtttttcttttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G03360.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G03360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S197_115V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
--------------------------------------------------------------------------------------------------------ggtatgagtaggaaattttttc-cttttcttgtatgtctcttttaattgaa-tatctctgatctaattgaacatgggtttttcttttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG-
                                                                                                          | ||| | | |  | |  |  | |||   ||||| |   |||  |  |  | | | || |  || |||   | |       | || | |  ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||| |||   |||||   | 
gtattcttactacttctttcctccaactgattaacttctttgtagttgtttggatgaagaacgcagctgcaagtttagcggtgtgttttaaccaatattttctaattttgactggtatgtctcgtaacattttgagtatggcagatttgttaaatctgtttgtggtaaaactgactgttgtaagacgtgtttgct--cagCAAAAGAGCATGTGGTGGGGTGGTACAGCACTGGGCCTAAGCTTCGAGAAAATGATCTTGACATTAATGAGCTATTTCGGGA

upper sequence: GLYMA18G03360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ23777 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
ggtatgagtaggaaattttttccttttcttgtatgtctcttttaattgaatatctctgatctaattgaacatgggtttttcttttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG-
                                             |    | |   || | |   |   | |||  ||   |||  | || |||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||| || || ||||||||||| |   | ||||    
--------------------------------------------gtaagttcttcgtgttttttctttgcttggcattacgtttgtgcttgcagCGAAGGAGCACGTTGTTGGATGGTACAGCACTGGTCCCAAACTACGTGAGAACGATCTTGACATTCACGAGCTCTTTAGGAA

upper sequence: GLYMA18G03360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ21414 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
ggtatgagtaggaaattttttccttttcttgtatgtctcttttaattgaatatctctgatctaattgaacatgggtttttcttttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG-
                                             |    | |   || | |   |   | |||  ||    ||  | || |||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||| || || ||||||||||| |   | ||||    
--------------------------------------------gtaagttcttcgtgttttttctttgcttggcattacgcttgtgcttgcagCGAAGGAGCACGTTGTTGGATGGTACAGCACTGGTCCCAAACTACGTGAGAACGATCTTGACATTCACGAGCTCTTTAGGAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193340172|gb|FK307793.1|FK307793
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCTATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGT
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGT
EST: gi|208271338|gb|GE068316.1|GE068316
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|208263542|gb|GE063368.1|GE063368
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCTATGTTT-CCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAAGCTGCG
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAA-GCTGCG
EST: gi|193330502|gb|FK292774.1|FK292774
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTG
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTG
EST: gi|207764004|gb|GD738869.1|GD738869
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCTATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTG
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTG
EST: gi|193584905|gb|FK542364.1|FK542364
EST:     TGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|193700676|gb|FK636425.1|FK636425
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCTATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGCGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|208190054|gb|GD994020.1|GD994020
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|208179360|gb|GD976583.1|GD976583
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACCGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|193649146|gb|FK599783.1|FK599783
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGTACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|209700562|gb|BW670403.1|BW670403
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|193348915|gb|FK315233.1|FK315233
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGACTGC
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAG-CTGC
EST: gi|213595707|gb|DB968545.1|DB968545
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|151407202|gb|EV277017.1|EV277017
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|207758734|gb|GD728780.1|GD728780
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|213587600|gb|DB971323.1|DB971323
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGNTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTG-TGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGA
EST: gi|208231928|gb|GE030883.1|GE030883
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACCGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|208180691|gb|GD976230.1|GD976230
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACCGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|207729336|gb|GD709136.1|GD709136
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTCTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|208194760|gb|GD989373.1|GD989373
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCTATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGCGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|207725832|gb|GD701904.1|GD701904
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|208326041|gb|GE119723.1|GE119723
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA
EST: gi|208127615|gb|GD921721.1|GD921721
EST:     TTGACCACAATTACCATGAATCTATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAAT                         GCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGCGAA
genomic: TTGACCACAATTACCATGAATCGATGTTTTCCATGTTTAAAAGAATAAATggtatgagta ... ttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttttaattgaatatctctgatctaattgaacatgggtttttcttttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG
                    atctaat  putative branch site (score: 3)
                                     tttttcttttggttt  putative PPT
     aattgaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggtatgagtaggaaattttttccttttcttgtatgtctcttttaattgaatatctctgatctaattgaacatgggtttttcttttggtttacaGCAAAGGAGCATGTTGTGGGGTGGTATAGCACTGGTCCAAAGCTGCGTGAAAATGACCTTGACATTCATGGCTTATTTAATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC