Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtaacatatatattgaaggatgatcaatatgatataggagtataaaaattcttttccttatgttacataacaagaaaattgctatatattgattggttgtgaaatggttttctttttgaatatcaggtgggctcaaatagcagCAAGTTACCAGGGAGGACAGATAATGAGATTAAGAACTTCTGGAATTCATGTTTAAAGAAGAAGCTTCTGAAGCAAGGGATTGACCCAAGTACACACAAG
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G09310.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA17G09310.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv17s0000g09080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtaacatatatattgaaggatgatcaatatgatataggagtataaaaattcttttc--cttatgttacataacaagaaaattgctatatattgattggttgtgaaatggttttctttttgaatatcaggtgggctcaaatagcagCA-AGTTACCAGGGAGGACAGATAATGAGATTAAGAACTTCTGGAATTCATGTTTAAAGAAGAAGCTTCTGAAGCAAGGGATTGACCCAAGTACACACAAG
|||| | | | | || | || | | | ||||| | | | || | | || | |||||| |||| |||||||||||| || |||||| | || ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||
--------------------------gtatggaaaaacaccccagaaccctctcaggatttccaatttttggtatgaaaaat----tgaaatgggtattcatgga------ttctttgggaattgcagGTGGGCTCAGATTGCAGCACAATTGCCAGGAAGAACAGACAATGAGATTAAGAACTTTTGGAACTCATGCTTGAAGAAGAAGCTACTGAAGCAAGGCATG------------------ atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ttgattggttgtgaaatggttttctttttgaatatcaggtgggctcaaatagcagCAAGTTACCAGGGAGGACAGATAATGAGATTAAGAACTTCTGGAATTCATGTTTAAAGAAGAAGCTTCTGAAGCAAGGGATTGACCCAAGTACACACAAG
tattgat putative branch site (score: 3)
ttttctttttgaatat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtaacatatatattgaaggatgatcaatatgatataggagtataaaaattcttttccttatgttacataacaagaaaattgctatatattgattggttgtgaaatggttttctttttgaatatcaggtgggctcaaatagcagCAAGTTACCAGGGAGGACAGATAATGAGATTAAGAACTTCTGGAATTCATGTTTAAAGAAGAAGCTTCTGAAGCAAGGGATTGACCCAAGTACACACAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG