Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggttggttcgcttgtttcggtttttagcattggttcttggtggttttgtgtgtatgtgttgctaatgatgatcttgttgtttgttgaggtgggtgtagCTGTGCTTGGATTTGATAGGGGAATGGGTGGCACGGAACTTGGAAGGGTCCATCAGTGGCGGTGTTGGTCTGGGAATCAATGGGATTGTGCCGTATCAGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G32860.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208225993|gb|GE025460.1|GE025460
EST:     AGAATCCCAATGGGATTATTCAGTTGGGCTTGTCGGATAACAAG                         CTGTGCTTGGATTTGATAGGGGAATGGGTGGCACGGAACTTGGAAGGGTCC
genomic: AGAATCCCAATGGGATTATTCAGTTGGGCTTGTCGGATAACAAGgttggttggt ... gtgggtgtagCTGTGCTTGGATTTGATAGGGGAATGGGTGGCACGGAACTTGGAAGGGTCC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgtgtgtatgtgttgctaatgatgatcttgttgtttgttgaggtgggtgtagCTGTGCTTGGATTTGATAGGGGAATGGGTGGCACGGAACTTGGAAGGGTCCATCAGTGGCGGTGTTGGTCTGGGAATCAATGGGATTGTGCCGTATCAGA
                tgctaat  putative branch site (score: 2)
                   taatgat  TA-rich tract