Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tttacataatccaaattgggtcaccttttagtcacatgtatgattaagttagttgcatatttgtatgcaccatgttaacttttgaatgtgtgatatgcagGAGTAGATGAGGTGGAAGTTGAAATGGAAGCACAAAAAATAACAGTGAGGGGCTATGGTTTGGAGGAAAAGAAGGTTCTTAAGGCAATCAAACGTGCAGG
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G31260.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|11413735|gb|BF425746.1|BF425746EST: TTGTGAAGGATGTGCTTCAAAATTAAAGAAAGCTCTCTTCAAGCTCAAAG GAGTAGATGAGGTGGAAGTTGAAATGGAAGCACAAAAAATAACAGTGAGGG
genomic: TTGTGAAGGATGTGCTTCAAAATTAAAGAAAGCTCTCTTCAAGCTCAAAGgtacactttg ... tgatatgcagGAGTAGATGAGGTGGAAGTTGAAATGGAAGCACAAAAAATAACAGTGAGGG
EST:
gi|51337453|gb|CO981319.1|CO981319EST: TTGTGAAGGATGTGCTTCAAAATTAAAGAAAGCTCTCTTCAAGCTCAAAG GAGTAGATGAGGTGGAAGTTGAAATGGAAGCACAAAAAATAACAGTGAGGG
genomic: TTGTGAAGGATGTGCTTCAAAATTAAAGAAAGCTCTCTTCAAGCTCAAAGgtacactttg ... tgatatgcagGAGTAGATGAGGTGGAAGTTGAAATGGAAGCACAAAAAATAACAGTGAGGG
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.aagttagttgcatatttgtatgcaccatgttaacttttgaatgtgtgatatgcagGAGTAGATGAGGTGGAAGTTGAAATGGAAGCACAAAAAATAACAGTGAGGGGCTATGGTTTGGAGGAAAAGAAGGTTCTTAAGGCAATCAAACGTGCAGG
tgttaac putative branch site (score: 2)
atatttgtat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tttacataatccaaattgggtcaccttttagtcacatgtatgattaagttagttgcatatttgtatgcaccatgttaacttttgaatgtgtgatatgcagGAGTAGATGAGGTGGAAGTTGAAATGGAAGCACAAAAAATAACAGTGAGGGGCTATGGTTTGGAGGAAAAGAAGGTTCTTAAGGCAATCAAACGTGCAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - atccaaa
- - - - - - - - - - tcacctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - catgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgtg