Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatagattgaaaggactttattttggatatttagctgatatttctttctgagtgtgtactggtttcccaattaatatatggtacttttcctttcctcagCACAGGGAGTGGTGATATTGATACCTCAAAGGTGGTGAAGGCCGATTCTGATGGTCGTATTTGTGGTGCATCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G30190.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G30190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0029g00990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaaatagattgaaaggactttattttggatatttagctgatatttctttctgagtgtgtactggtttcccaattaatatatggtacttttcctttcctcagCACAGGGAGTGGTGATATTGATACCTCAAAGGTGGTGAAGGCCGATTCTGATGGTCGTATTTGTGGTGCATCAG
                              ||||       || || ||| | |  ||  |||  |    ||||   || |  |||||||| ||||  |||||   || ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||  | ||| || || |||| |||||||
-----------------------------gtattataaaactacttgtttgtcacggt--actcttacagcaatatttacagagtactttttcttttttcagCCTTGGCAGTGGAGATATTGATACCTCAACTGTGGTGAAGGCCGATTCAAACGGTTGTCTTGGTGGAGCATCAG

upper sequence: GLYMA16G30190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv16s0050g00490.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtaaatagattgaaaggactttattttggatatttagctgatatttctttctgagtgtgtactggtttcccaattaatatatggtacttttcctttcctcagCACAGGGAGTGGTGATATTGATACCTCAAAGGTGGTGAAGGCCGATTCTGATGGTCGTATTTGTGGTGCATCAG
                       | ||  | |  ||  ||||  |   |||  |  || |   |   |   | ||  || |  ||| |||| ||||  ||||||| || ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| || ||| || ||  ||| |||||||
----------------------gtattataaaactacttgatcatagattcccatggtttttagaactt--attt--tacagagtaatttttcttttatcagCACTGGCAGTGGAGATATTGATACCTCAACTGTGGTGAAGGCTGATTCAGACGGTTGTCTTCATGGAGCATCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttctgagtgtgtactggtttcccaattaatatatggtacttttcctttcctcagCACAGGGAGTGGTGATATTGATACCTCAAAGGTGGTGAAGGCCGATTCTGATGGTCGTATTTGTGGTGCATCAG
                        aattaat  putative branch site (score: 3)
                                     tacttttcctttcctc  putative PPT
                        aattaatatatggta  TA-rich tract